A csonkafülű denevér (Myotis emarginatus) Elterjedése Európában a kontinens középső és déli részére koncentrálódik. Hazánkban főként hegyvidékeken találjuk, de az Alföld keleti peremén is több kolóniája ismert. Legnagyobb közösségei Északkelet-Magyarországon vannak, a Putnoki-dombság, az Aggteleki-karszt, a Cserehát, a Zempléni-hegység és Szatmár-Bereg környékén található. A Dunántúlon szórványos előfordulásai ismertek.
Gyűrűzési eredmények alapján helyben maradó faj, nyári és téli szálláshelye között rövid távolságot tesz meg; jelenlegi repülési rekordja mindössze 106 km. Érdekes kérdés, hogy hová tűnnek télen a hazai állatok, Magyarországon ugyanis csak néhány telelő csonkafülű denevérrel lehet találkozni. Feltételezhetően Szlovákiába vonul többségük, de az itt ismert téli állományok is kicsik, így a válaszhoz további vizsgálatok szükségesek. Nyári búvóhelye napjainkban szinte kizárólag templomok, kastélyok nagyobb padlásán van. Igényli a nagy berepülő-nyílásokat. Ennek, illetve a meleg mikroklímának tudható be, hogy az azonos igényekkel rendelkező nagy patkósdenevérrel gyakran egy élőhelyen fordul elő. A csonkafülű denevér eredendően barlangi faj, számos adat van arról, hogy régen hazánkban leginkább földalatti szálláshelyeken, más melegigényes denevérfajok társaságában (pl. patkósdenevérek, hosszúszárnyú denevér) fordult elő. Az 1990-es években már csak néhány ilyen, bükki állománya volt ismert. Télen melegebb barlangokban, vagy bányákban telel. A teleléshez 6-9oC-os hőmérsékletű földalatti szálláshelyet keres. Téli álma novembertől kezdődik és március-áprilisig tart, a kinti hőmérséklettől függően.
Szinte kizárólag nagyobb csoportokban élő faj. Száz példánynál nagyobb kolóniából 13-at ismerünk hazánkban. Az 500 példányon felüli kolóniák kivétel nélkül ÉK-Magyarországon vannak, a legnagyobbak elérik a 2000-es egyedszámot. Napközben az állatok szorosan összebújva pihennek. Sokszor olyan búvóhelyeken is megtalálhatóak, melyek meglehetősen világosak. Gyakran alkot vegyes kolóniát más fajokkal, hazánkban kereknyergű, kis és nagy patkósdenevérekkel, valamint hegyesorrú és közönséges denevérekkel élhet.
Hazánkban a többi barlangban is előforduló fajhoz hasonlóan, a csonkafülű denevér állományának megfogyatkozásában is a barlangok turisztikai hasznosítása, kiépítése, kivilágítása és lezárása játszott elsőrendű szerepet.
A csonkafülű denevér nagyon sérülékeny faj, az európai országok többségében erősen megfogyatkoztak állományai, számos országból teljesen eltűnt.
A csökkenés fő oka a nyári búvóhelyül szolgáló padlások átépítése, illetve mérgező fakezelő szerek használata.
Hazai eredmények alapján úgy tűnik, hogy különösen rosszul viseli a szálláshelyek túlmelegedését, ami a faj jövőjét tekintve nagyon aggasztó, hiszen a klímaváltozás miatt egyre gyakoribbak a hőhullámok. Sérülékenységét fokozza, hogy nagyméretű kolóniákat képez, így egy-egy károsító esemény egyszerre sok állatot érint.
A megmaradt kolóniák megőrzéséhez azonnali és hatékony intézkedések szükségesek. Ennek egyik módja a szállásépületek rendszeres takarítása, mely számottevően csökkenti a denevérek jelenlétéből adódó konfliktushelyzetek kialakulásának lehetőségét.
Ha a kezelésében álló épületben csonkafülű – vagy bármilyen más – denevérek telepedtek meg, és a védett állatokkal kapcsolatban kérdése van vagy segítségre szorul, mindig forduljon szakemberekhez! A rosszul megválasztott módszerek könnyen az állatok sérülését, pusztulását okozhatják!
(Forrás: Magyar Madártani És Természetvédelmi Egyesület, Magyar Állami Természetvédelem)