A nemzeti titkosszolgálat, a Moszad életre hívásának szükségessége már közvetlenül Izrael Állam 1948. május 14-i kikiáltása után, az államszervezet kiépítése során felmerült. Amikor az ENSZ közgyűlésének 1947-ben meghozott határozata alapján Ben Gurion Tel-Avivban kikiáltotta a szabad és független Ciont, azaz Izrael Államot, az új államalakulattal szomszédos arab országok, Egyiptom, Szíria, Transzjordánia, valamint Irak azonnal háborút indítottak az éppen hogy csak létrejött Izrael ellen.
Mivel az első-arab izraeli háborút lezáró 1949-es fegyverszüneti szerződés megkötése után sem szűnt meg a háborúból egyébként megerősödve kikerülő ország fenyegetettsége, ezért már 1949-ben elkezdték a titkosszolgálat megszervezését, amely ekkor még az Összehangolás Központi Intézete (Central Institute for Coordination) elnevezést viselte.
1951 márciusában Izrael első államelnöke, Ben Gurion kezdeményezésére újjászervezték az ország külső elhárításért és hírszerzésért felelős szervezetét, amely a Hírszerzés és Különleges Műveletek Intézete néven 1951. szeptember elsejei hatállyal kezdte meg működését Tel-Aviv központtal.
A Moszad első vezetője, Reuben Siló, a Zsidó Ügynökség Politikai Részlegétől került a titkosszolgálat élére. A Moszad a mindenkori izraeli miniszterelnöknek van alárendelve,
és kizárólag csak a kormányfőtől kell engedélyt kérnie a fedett műveletek végrehajtásához.
A Moszad szervezetére vonatkozó szabályok szerint a miniszterelnöknek még a saját kabinetjét sem kell tájékoztatnia a titkosszolgálat számára adott utasításokról.
Ez a közjogi konstrukció azonban egyáltalán nem egyedülálló, mivel nagyon hasonló a CIA, az amerikai, illetve az MI6, a brit titkosszolgálatokra vonatkozó szabályokhoz. ( A CIA kizárólag a hivatalban lévő amerikai elnöknek, az MI6 pedig a mindenkori brit miniszterelnöknek van alárendelve.) A Moszad az Amannal, vagyis a katonai hírszerzéssel, valamint a Sin Béttel, a belbiztonsági szolgálattal együtt alkotja az Izraeli Hírszerző Közösséget.
A Moszad belső szervezeti felépítése ismeretlen és titkos a közvélemény számára. Az izraeli titkosszolgálat egyes részlegeit csak különböző félinformációk és következtetések alapján lehet feltérképezni. Ami bizonyosnak látszik, hogy a Moszad két nagyobb egységből, a felderítési divízióból, illetve a műveletek gyakorlati végrehajtását elvégző részlegből áll.
A felderítési ügyosztály gyűjti össze a kijelölt célterületekre vagy célszemélyekre vonatkozó releváns információkat, és elvégzi ezek kiértékelését. A beszerzett információk alapján a felderítési divízió hozza meg a további, a fedett műveletek végrehajtására vonatkozó döntéseket is.
A másik, Mecadanak, vagy Komemiuténak nevezett csoport ügynökei hajtják végre a titkos akciókat, szabotázst, fedett merényleteket, félkatonai jellegű műveleteket, és célzott rajtaütéseket. E két nagy szervezeti egység mellett külön részleg foglalkozik a baráti szolgálatokkal fenntartott kapcsolatok ápolásával, politikai akciókkal, valamint az Izraellel diplomáciai, vagy más szorosabb kapcsolatban nem álló országok megfigyelésével. A LAP (Lohmah Psichologit) kódnevű egység felel a pszichológiai hadviselésért, az irányított propagandáért és a dezinformációs műveletekért, valamint a Moszad titkos ügynökeinek a fedéséért.
A Moszad – feltételezések szerint – összesen 15 nagyobb ügynökcsoporttal rendelkezik szerte a világban, amelyek közül a közel-keleti csoport különösen fontosnak számít. A regionális hálózatok élén az ügynöktartó tisztek (kaca) állnak, az ő feladatuk a nemzetbiztonsági szempontból fontos információgyűjtés biztosítása.
Becslések szerint a Moszad jelenleg hozzávetőleg 35 ezer ügynökkel rendelkezhet szerte a világban, akik közül 20 ezren aktívak, és 15 ezer lehet az úgynevezett „alvó" ügynökök száma. Szakértők szerint Izrael rendelkezik az egyik legnagyobb és legprofibb módon irányított ügynökhálózattal a világon.
A Moszadnak a megalakulása után a szökésben lévő náci háborús bűnösök felkutatása, elfogása és Izraelbe szállítása, ha pedig ez nem lenne lehetséges, a likvidálásuk lett a titkosszolgálat egyik fontos műveleti feladata. Az európai zsidóság tömeges deportálásában vezető szerepet játszó Adolf Eichmann annak a nyolc náci háborús főbűnösnek volt az egyike, akik kiemelt célszemélyként szerepeltek a Moszad listáján.
Az osztrák származású SS-őrnagy részt vett az 1942. januári hírhedt wannsee-i konferencián, ahol végleges döntés született az európai zsidóság tervszerű kiirtásáról, ezt követően pedig mint a Birodalmi Biztonsági Főhivatal (RSHA) IV., úgynevezett „zsidóügyi" osztályának vezetője
ő szervezte meg a németek megszállta európai országokból a zsidóság megsemmisítő táborokba hurcolását.
(1944-ben Budapestről személyesen irányította a vidéki magyar zsidóság Auschwitz-Birkenauba deportálását.) Eichmann így több millió ártatlan ember haláláért felelt, de a náci Németország összeomlása után sikerült Argentínába szöknie, ahol Ricardo Klement álnéven telepedett le.
A Moszad ügynökeinek csak hosszas és kitartó kutatás után az 1950-es évek végén sikerült a bujkáló náci nyomára bukkanniuk Sylvia Herman segítségével, aki Eichmann egyik fia, Klaus barátnője volt.
Eichmannt 1960. május 11-én, a lakása elől rabolta el három Moszad-ügynök,
majd május 20-án – elkábítva és részegnek álcázva – sikerült felcsempészniük az El Al Buenos Airesből Tel-Avivba tartó járatára. Eichmann perét Jeruzsálemben rendezték meg.
A bíróság 1961. december 15-én az emberiség ellen elkövetett és más háborús bűncselekmények miatt kötél általi halálra ítélte a több millió zsidó haláláért felelős Eichmannt. A másik legjobban keresett náci háborús bűnöst, Joseph Mengelét, az auschwitzi koncentrációs tábor hírhedt orvosát azonban már nem tudták elfogni, pedig a Moszad felderítési részlegének sikerült a keresett náci nyomára bukkannia, aki ugyanúgy, mint Eichmann, az argentin fővárosban élt álnéven.
Az eredeti terv szerint egyetlen akcióban ütöttek volna rajta mindkét nácin,
de végül ezt elvetették, mert túl kockázatosnak találták a kivitelezést.
Eichmann elfogásának hírére Mengele megszökött, és noha a Moszad a nyomában maradt, de sem az elfogása, sem pedig a likvidálása nem járt sikerrel.
A Moszad ügynökeinek beágyazottságát igen jól illusztrálja, hogy amikor a Szovjetunió Kommunista Pártjának 1956 februárjában megtartott XX. kongresszusán Nyikita Szergejevics Hruscsov, az SZKP KB első titkára elmondta a plénum zárt ülése előtt a sztálini rendszert bíráló és a sztálini bűnökről szóló titkos beszédét, a Moszad azonnal megszerezte a beszéd teljes szövegét, amit az izraeli titkosszolgálat továbbított a CIA-nak.
Az egyik legnagyobb port felvert és a közelmúltban nyilvánosságra került hír szerint Otto Skorzeny, a csak „Hitler bűvös vadászaként" emlegetett egykori hírhedt SS-kommandós parancsnok is Moszad-ügynökké lett, és ő gyilkolta meg 1962. szeptember 21-én Heinz Krug német rakétamérnököt, aki Gamal Abden-Nasszer egyiptomi elnök megbízásából annak a fejlesztőcsoportnak volt a vezetője, amely egy titkos katonai projekt keretében az egyiptomi ballisztikus rakétarendszer kifejlesztésén dolgozott.
Krug a második világháború idején az SS kötelékében szolgált mint fejlesztőmérnök, a Harmadik Birodalom szupertitkos, Peenemündében lévő kísérleti rakétatelepén. Miután a Gamal Abden-Nasszer ezredes vezette katonai puccs 1952-ben megdöntötte I. Faruk király hatalmát, az észak-afrikai ország – az 1948-49-es első izraeli-arab háborúban elszenvedett súlyos vereség hatására –, komoly fegyverkezésbe kezdett. A haderőfejlesztési program fontos részét alkotta a stratégiai rakétaprojekt, amelyhez az egyiptomi hatóságok igyekezték megnyerni a Harmadik Birodalom Németországban maradt rakétatudósait.
Így lett Heinz Krug a titkos rakétafejlesztési projekt vezetője. A Moszad azonban tudomást szerzett az egyiptomi ballisztikus rakétaprogramról (amelyhez nagy segítség volt, hogy még Nasszer vejét, Asraf Marvant - aki vezető tanácsadó volt Nasszer és Szadat alatt -is be tudták szervezni kémnek), amelyet az izraeli kormány első számú nemzetbiztonsági kockázatnak minősített. A Haaretz izraeli napilap közelmúltban megjelent cikke szerint az egyiptomi rakétaprogramot vezető német tudós likvidálására szervezett kommandónak Otto Skorzeny, a Mussolinit kiszabadító egykori lovagkeresztes SS-parancsnok is a tagja volt,
mi több, ő lőtte agyon a müncheni lakásáról elcsalogatott, mit sem sejtő Heinz Krugot,
az izraeli titkosszolgálat megbízásából. A Moszad felkutatta a börtönből még korábban megszökött, és először Argentínában letelepedett, majd Spanyolországban élő Skorzenyt.
Otto Skorzeny számára bántatlanságot garantáltak arra az esetre, ha lépre csalja és likvidálja az Egyiptomnak dolgozó egykori SS-rakétamérnököt, amit a kiszivárogtatott információk szerint Hitler volt „bűvös vadásza" végre is hajtott.
Természetesen a világ egyetlen titkosszolgálata sem szokta nyilvánosságra hozni az ügynökei által végrehajtott fedett műveleteket, és mindez a Moszadra is igaz. Ahhoz azonban nem fűződik semmi kétség, hogy az idén hetvenéves izraeli titkosszolgálat a történelem egyik legjobb és leghatékonyabb ilyen szervezete.