Lorántffy Zsuzsanna és I. Rákóczi György fejedelem harmadik gyermekeként született Sárospatakon. Az Erdélyt erőssé és szilárddá tevő "Öreg" Rákóczi a kezdetektől uralkodónak nevelte két felnőttkort megért fiát, az idősebb Györgyöt és a fiatalabb Zsigmondot. Az 1648-ig tartó harmincéves háborúba 1643-ban beavatkozó I. Rákóczi György az 1645-ös linzi békében - igaz, ideiglenesen - hét vármegyét szerzett meg a Habsburg III. Ferdinándtól.
A fejedelem ezután a Habsburgok nyugati és keleti ellenfeleire támaszkodva megpróbálta Zsigmond számára a lengyel trónt megszerezni, de ebben 1648. október 11-én bekövetkezett halála meggátolta.
A lengyel rendek egy hónappal később a gyengekezű II. János Kázmért, az elhunyt IV. Ulászló testvérét választották királlyá. A nagy műveltségű Zsigmond végül 1651-ben V. Frigyes pfalzi választófejedelem lányát vette el, és a következő évben meghalt.
Rákóczi György 1640-ben lett a kulcsfontosságú váradi erőd kapitánya, majd nagybeteg apja 1642. február 3-án az országgyűléssel fejedelemmé választatta. Trónra lépésekor Erdély és a Rákóczi család egyaránt fénykorát élte: I. Rákóczi György erős fejedelemséget hagyott fiára.
1643-ban feleségül vette a Báthory család utolsó sarját, Zsófiát, ezzel a Rákócziak kezére kerültek a Báthory-birtokok.
Amikor apja 1644-ben hadba szállt, György kormányzó, majd apja halála után fejedelem lett. A kezdetektől fogva Báthory István nyomdokaiba szeretett volna lépni, ezért az első pillanattól a lengyel korona megszerzésére törekedett. 1649-ben szövetségre lépett a lengyel uralom ellen fellázadt Bogdan Hmelnickij ukrajnai kozák hetmannal, majd hűbéri fennhatósága alá vonta a két román fejedelemséget, Moldvát és Havasalföldet.
A Hmelnickij-felkelés és a belviszályok által meggyengült Lengyelországot 1655-ben megtámadta X. Károly Gusztáv svéd király. Hadai kezdetben sikert sikerre halmoztak, elfoglalták Varsót és Krakkót is, de a protestáns hódítók dúlása egyre nagyobb ellenállást váltott ki a katolikus lengyel rendekből. A háborúba beavatkozott Oroszország is, s az egyre szorongatottabb helyzetbe kerülő X. Károly a brandenburgi választófejedelemtől és
II. Rákóczi Györgytől kért segítséget, utóbbinak a lengyel koronát is felajánlotta.
A fejedelem, hiába óvták tanácsadói, addigi sikereitől megrészegülve, országa erejét túlbecsülve igent mondott. 1657. január 17-én a viski országgyűlésen Rhédey Ferenc, Barcsay Ákos és Serédy István személyében helytartókat nevezett ki, majd másnap - a török Porta tiltása ellenére - 30 ezres seregével betört Lengyelországba, hogy megszerezze annak trónját. Lépését azoban hosszas tervezés, tárgyalások előzte meg, míg a hozzá szükséges önbizalmat a korábbi, két jelentősebb haditett adta.
A hegyeken való átkelés Lengyelországba a korabeli források szerint hatalmas áldozatokat követelt: „(...)az havasokon, hegyeken, völgyeken igen nagy hó lévén, azonban csak hirtelen azon havat igen nagy eső ütvén, olly árvize lött vala, melly azon vármegyében (Máramarosban) lévő sok folyóvizeket megárasztván (...) nem csak sok szekerek boríttatnának, hanem emberek is számosan vesztek vala".
Nagy ellenállásba nem ütközött, tavasszal bevette Krakkót és csapatai egyesültek a svédekkel. A körülmények azonban gyorsan hátrányára kezdtek változni, mert a dánok megtámadták Svédországot, és X. Károlynak haza kellett vonulnia. A magára maradt fejedelem június 18-án elfoglalta Varsót, de helyzete egyre nehezebbé vált.
A lengyelek júniusban betörtek a védtelenül maradt Erdélybe, és felprédálták annak egy részét. Miután júliusban kozák segédcsapatai is cserben hagyták, nem maradt más választása, mint hogy
július 22-én megalázó feltételekkel békét kössön az őt üldöző lengyelekkel: hódításait feladta és jelentős hadisarcot is fizetnie kellett.
Ő maga néhány száz emberével baj nélkül hazaért, de a Kemény János által vezetett fősereg tatár fogságba esett, ahol egy részük meghalt, a többiek csak magas váltságdíj ellenében szabadulhattak, a Porta pedig bosszúból pusztító tatár sereget szabadított Erdélyre.
A hazatérő II. Rákóczi Györgyöt 1657 októberében az erdélyi országgyűlés letette hivataláról, helyére Rhédey Ferencet választották meg. Rákóczi ebbe nem törődött bele, a székelyek és a hajdúk segítségével 1658 elején visszaszerezte a trónt. A törökök ezt nem ismerték el,
Köprülü Mehmed nagyvezír sereggel indult Erdély ellen, s ultimátumban követelte Rákóczi ismételt letételét a fejedelemségről.
Az erdélyi rendek erre csak a török pusztítás hatására, 1658. október 11-én voltak hajlandóak, az új fejedelem, Barcsay Ákos magas hadisarc és fontos erődítmények átengedése árán érte el a török visszavonulását.
A királyi Magyarországra visszahúzódott Rákóczi 1659 márciusának végén lemondott a fejedelmi címről, de azonnal újabb szervezkedésbe fogott.
Garbónál győzött Barcsay hadai ellen, s egy időre ostrom alá vette Szeben várát, ahová a vert seregek visszaszorultak. Az erdélyi harcokba beavatkozott a budai pasa is, aki 1660. május 22-én Szászfenesnél döntő vereséget mért II. Rákóczi Györgyre. A rendkívül véres csatában a leírások szerint a fejedelem oroszlán módjára harcolt, 17 törököt vágott le és öt lovat lőttek ki alóla, de három súlyos fejsebet is kapott.
Bár önfeláldozó testőrei ki tudták menteni a csatamezőről, sebeibe két héttel később, 1660. június 7-én belehalt.
Noha II. Rákóczi György megfontoltsága a lengyelországi hadjárat kapcsán bizonyítható, a portai engedélyt megkerülő akciója romlásba taszította Erdélyt. Halála után a török elfoglalta a fejedelemség egyik legfontosabb erősségét, Váradot, ezzel kiterjesztve a hódoltságot Erdély rovására.
Az Isztambulból indult török fősereg már halála után érkezett meg, és ekkor vette be Váradot, Lippát és Jenőt: ezzel pedig létrejött az ötödik magyarországi vilájet. A szultán nem engedte meg, hogy II. Rákóczi György fia, az 1645-ben született és hétévesen fejedelemmé választott I. Rákóczi Ferenc foglalja el a trónt, így annak anyjával együtt el kellett hagynia Erdélyt.
(MTVA Sajtóarchívum, Origó)