Az igazi Nicolas Flamel valószínűleg 1330-ban született a Párizs melletti Pontoise-ban, majd felnőttként a francia fővárosban élt. A korabeli dokumentumok magas és barna hajú férfiként írták le, akit kedves, okos és jámbor embernek ismertek. A zsúfolt, koszos, zajos és büdös kis utcák labirintusában Flamel másolóként dolgozott, tehát még a könyvnyomtatás feltalálása előtti korban egyszerűen lemásolta azokat a szövegeket és könyveket, amelyeket sokszorosítani kellett.
Közíróként tevékenykedett, aki főként írástudatlanoknak írt, de emellett könyveket kötött és könyvárusként is dolgozott.
Ezenkívül két üzletet vezetett, amelyek a Saint-Jacques-de-la-Boucherie templom falánál álltak. A feljegyzések szerint Flamel szolgált a plébániában is, majd 1368-ban feleségül vett egy kétszeresen özvegy és gazdag nőt, Pernelle-t (vagy más írásmóddal Perenelle-t). A férfi a házasságuk után is tovább dolgozott könyvkereskedőként, annak ellenére, hogy a pár viszonylag gazdagnak számított:
több ingatlannal rendelkeztek, és gyakran jelentős összegű pénzt adományoztak a francia katolikus egyháznak.
Templomok és vendégházak építését támogatták, szobrokat rendeltek és a párizsi hajléktalanok elhelyezésére szolgáló házakat építtettek. Ezek közül az egyik mind a mai napig fennmaradt, és a város legrégebbi kőházaként ismerjük.
A ma Nicolas Flamel-házként ismert épület 1407-ben készült el, és a Rue de Montmorency 51. szám alatt található, Párizs harmadik kerületében.
A város hajléktalanjai azzal a feltétellel tartózkodhattak itt, ha imádkoznak a halottak lelki üdvéért.
A házaspár gazdagsága és jótékonykodása is annak a legendának a részévé vált, amely Flamel „posztumusz" alkimista hírnevét övezi.
Történészek úgy vélik, hogy jótékony cselekedeteiknek az az egyik lehetséges magyarázata, hogy soha nem született gyermekük, és ezért megengedhették maguknak, hogy karitatív munkákra és monumentális műalkotásokra költsék a vagyonukat.
Az ilyen jó cselekedetek ráadásul azt is biztosították, hogy Flamelre és feleségére a haláluk után is emlékezzen az utókor.
A feljegyzések szerint Flamel 1418-ban halt meg: Párizsban temették el egy általa tervezett sírkő alá a Saint-Jacques-de-la-Boucherie-templomban.
Az épület a 18. század vége felé azonban megsemmisült, és Flamel sírköve kissé bizarr módon vágódeszka lett egy párizsi élelmiszerboltban (ma a Musée de Clunyban, a párizsi középkori múzeumban látható).
Az 1416. november 22-én kelt végrendeletében könyvtárának nagy részét az egyik unokaöccsére, Perrier-re hagyta, akiről keveset tudunk.
A dokumentum azonban feltárja Flamel gazdagságát: a felesége korábbi házasságaiból szerzett vagyonán kívül írástudói munkájával kereste a kenyérre valót, amely a középkorban jól fizető foglalkozásnak számított. Néhány újabb kutatás szerint a házaspár illegális üzleti kapcsolatok révén gazdagodhatott meg, ami talán azt is megmagyarázza, hogyan kerültek kapcsolatba az alkímiával.
A legenda szerint Flamel álmában egy angyallal találkozott, aki fontos, titkokat rejtő könyvet vitt neki. Az angyal ezt mondta Flamelnek:
„Egy napon olyat fogsz látni benne, amit senki más nem láthat..."
Bár a férfit nyugtalanította az álom, az évek múlásával kezdett megfeledkezni róla. Egyszer azonban beállított a könyvesboltjába egy idős utazó, aki felajánlotta, hogy elad neki egy nagyon régi huszonegy oldalas és hét fejezetre osztott kéziratot.
A borítót nézve Flamel azonnal rájött, hogy az álombeli könyvet tartja a kezében, ami egy olyan titkos receptről írt, amelynek segítségével az ólmot arannyá alakíthatja és elkészítheti az úgynevezett életelixírt, a halhatatlanságot garantáló varázsitalt.
Ezért megvásárolta a Würzburgi Ábrahámnak tulajdonított régi kéziratot, amivel azonban problémái adódtak, mert alig értette az abban foglaltakat, mert az írás görögül, héberül és más nyelveken íródott. Ráadásul
tele volt a kabbalához kapcsolható, Flamel számára ismeretlen szimbólumokkal, amelyek az alkímiára vonatkoztak.
De nem adta fel és mindenáron meg akarta fejteni a könyvet. Párizs kortárs alkimistáihoz fordult, ám csalódnia kellett, mert ők nem akarták megosztani vele a tudásukat. Állítólag nem kevesebb, mint 21 évet töltött azzal, hogy mindent elolvasson az alkímiáról és a kabbaláról. Még Spanyolországba is elutazott, hogy megkeressen egy tudóst, bizonyos Maestro Canches-t, aki Leonban élt. A tudós azonnal felismerte Flamel kéziratában a zsidó misztikus hagyomány egyik legkorábbi mesterének írását és le is fordított néhány oldalt.
Beleegyezett, Flamellel együtt Franciaországba utazik és lefordítja a teljes kéziratot. Útközben azonban megbetegedett és meghalt.
Flamel viszont jó tanulónak bizonyult: a következő három évben az egész könyvet lefordította, illetve megfejtette a hermetika titkait, ami misztikus filozófiai, mitológiai, csillagászati, orvosi tanításokat tartalmazott és a természetfeletti hatalmakkal való kapcsolatra tanította.
Néhányan máig hisznek abban, hogy Flamel Ábrahám könyvét használta a bölcsek kövének megalkotására, ami szerintük a férfi tekintélyes vagyonát is magyarázhatná. Érdekesség, hogy pont emiatt, a hihetetlen jómódja és nagylelkűsége miatt figyelt fel rá VI. Károly francia király, aki vizsgálatot rendelt el ellene, amely végül nem talált semmi rendkívülit. Mások szerint viszont
semmi sem utal arra, hogy Flamelnek bármi köze is lett volna az alkímiához, és a titokzatos könyvről szóló történetek is csak a legendák világába tartoznak.
Megint mások viszont úgy vélik, hogy Flamel karakterét a 17. századi könyvkiadók találták ki annak érekében, hogy minél több, állítólagos alkimista könyvet adjanak el. Bár a választ nem tudhatjuk, az viszont tény, hogy Flamel az alkímia történetének egyik legjobban dokumentált középkori alakja.
Ezekben a forrásokban azonban egyetlen szó sem esik Flamel alkímiával kapcsolatos ügyeiről.
Arról sincs információ, hogy a gyógyszerészet és az orvostudomány kapcsolódó területeivel foglalkozott volna. Ráadásul a 16. század végéig egyetlen alkímiai értekezés sem említi meg a nevét, mint középkori forrást. A rendelkezésre álló bizonyítékok tehát leginkább arra utalnak, hogy Flamel alkimista mesteri hírneve csupán a 17. században keletkezett.
A Flamel feltételezett munkásságáról szóló írások azonban így is érdekes olvasmányt nyújtanak, amelyek közül azok a legizgalmasabbak, melyek szerint az „életelixír" révén képes volt elérni a halhatatlanságot.
A 17. században több utazó azt állította, hogy Flamel és felesége még élnek és Indiában vannak.
Ekkorra a pár már csaknem 400 éves lett volna. Még a 18. században is tovább folytak a heves viták Flamel alkimista hírnevéről, néhányan pedig állítólag Flamelt és a feleségét látták a párizsi opera egyik előadásán.
Fénykorában az alkímia még azokat is vonzotta, akiket ma a tudománytörténet legnevesebb alakjaiként tartunk számon.
Az egyik legismertebb köztük Isaac Newton, az egyetemes tömegvonzás törvényének megalkotója és a klasszikus mechanika tudományának megalapozója. A korabeli dokumentumok azonban azt bizonyítják, hogy idejének jelentős részét az alkímiával töltötte: a történészek becslése szerint több mint egymillió szónyi alkímiai jegyzetet írt élete során.
Ma az alkímiát egységesen áltudománynak tekintik, egyes tudománytörténészek azonban úgy vélik, hogy az alkímiának komoly hatásai lehettek a tudománytörténet nagy felfedezéseire.