A Perthshire grófságbeli Crieff városában látta meg a napvilágot Elizabeth Ewan és John Thomson fiaként. 1787-től 1790-ig Skócia legrégibb és az Egyesült Királyság harmadik legrégebbi felsőoktatási intézményében, a Saint Andrews Egyetemen tanult klasszikus nyelveket, matematikát és természetfilozófiát.
1795-ben beiratkozott az Edinburghi Egyetem orvostudományi karára, ahol 1799-ben doktori címet szerzett, a kémia tanulmányozására professzora, a szén-dioxidot felfedező Joseph Black ösztönözte.
Thomson 1796-ban öccse, James nyomába lépett az Encyclopaedia Britannica harmadik kiadásának segédszerkesztőjeként. Megírta a Kémia, az Ásványtan és a Növényi, állati és színező anyagok című cikkeket. A lexikon 1801-ben megjelent harmadik kiadásának mellékletében, az Ásványtan című szócikkében elsőként használt betűket vegyjelként, a vegyjelek használata a 19. század közepén vált általánossá a kémiában.
1802-ben kezdett kémiát tanítani Edinburgh-ban, és ugyanabban az évben kiadta A kémia rendszere című négykötetes művét.
Három év múlva a helyi Királyi Társaság, a Royal Society tagjává választották, miközben a skót adóhivatal is alkalmazta tanácsadóként, és egy szacharométerként ismert cukorsűrűség mérő műszert is feltalált.
Állást foglalt a korszak számos természettudósát foglalkoztató földtani vitában is, szembe szállva a modern geológia atyjának tartott James Hutton plutonikus elméletével, aki szerint a földtani folyamatokat működtető alapvető erő a tűz, vagyis a föld mélyén elhelyezkedő magma. 1808-ban részt vett az edinburghi Wernerian Natural History Society nevű társaság megalapításában, ennek tagjai Abraham Gottlob Wernert követték, aki szerint ez az erő a víz, bár később Thomson egyre jobban elfogadta Hutton elméletét.
1810-ben megjelentette Kémiai elemek című könyvét, amely a gázok térfogatváltozása és az atomelmélet összefüggéseit tárgyalta John Dalton atommodellje alapján.
Thomson az elméletet folyamatosan tökéletesítve hét kiadást publikált művéből, az utolsót 1831-ben. Fő érdeme az egyes anyagok atomsúlyának matematikai meghatározása.
1811-ben Svédországban tett tanulmányutat, onnan Londonba költözött. Még abban az évben a brit Királyi Társaság tagjává, négy évvel később a Svéd Királyi Tudományos Akadémia levelező tagjává választották. 1813-ban megalapította az Annals of Philosophy című folyóiratot, amely vezető szerepet játszott a tudományos sajtóban.
Az 1815. októberi számban beszámolt a lénártói meteoritról is, amelyet az előző évben Sáros vármegyében, Bártfa várostól nyugatra talált az erdőben egy juhász,
és amelynek a legnagyobb darabját 1815-ben kapta meg a Magyar Nemzeti Múzeum Természetrajzi és Technológiai Tára, a mai Magyar Természettudományi Múzeum.
Thomson 1816-ban megnősült, egy lánya és egy fia született. Az ifjabb Thomas Thomson botanikus és kémikus lett, aki később Indiában a Kalkuttai Botanikus Kert igazgatójaként is dolgozott.
A tudós 1817-től 1841-es nyugdíjba vonulásáig Glasgow-ban élt, ahol előbb lektor, majd a helyi egyetem kémia professzora volt. Ekkor nyílt először alkalma laboratóriumban dolgozni, és rögtön elkezdte kutatni az anyagok atomi felépítését.
Sok ezer kísérletének dokumentációját 1825-ben jelentette meg két kötetben, Kísérlet a kémia első alapelveinek kísérleti úton történő megállapítására címen.
Ebben a munkában megadta az összes fontos gáz fajsúlyát, adatainak túlnyomó többségét a későbbi tudósgenerációk alátámasztották. Munkáját az ásványok vizsgálatával folytatta, 1825 és 1835 között szinte minden akkoriban elérhető ásvány mintáit összegyűjtötte, majd kémiai úton elemezte.
Eredményeit 1836-ban tette közzé Ásványtan és geológia körvonalakban címmel, két kötetben, a mű mintegy ötven addig ismeretlen ásványról tartalmazott beszámolót.
Érdekesség, hogy ő adta a Berzelius által felfedezett szilícium angol nyelvterületen használatos nevét (silicon).
Henry James Brooke brit mineralógus 1820-ban ismertetett egy ásványt, amelyet a nyugat-skóciai Old Kilpatrick falu mellett találtak, s Thomson tiszteletére thomsonitnak nevezett el.
A mai mineralógia a thomsonitot az ortorombikus kristályok közé sorolja és két altípusát különbözteti meg aszerint, hogy kálcium- vagy stroncium-tartalmú-e.
Thomas Thomson 1852. augusztus 2-án, az argyllshire-i Kilmunban halt meg, 79 évesen. Az edinburghi Dean temetőben nyugszik, a glasgow-i nekropoliszban emlékművet emeltek a tiszteletére.
(MTVA Sajtóarchívum)