Az 1526-os mohácsi csatában elbukott a középkori magyar állam. A csatában elesett II. Lajos utódjának a magyar rendek előbb Szapolyai Jánost, majd a Habsburg-házi I. Ferdinándot is megválasztották, kettejük viaskodása a trónért tovább gyengítette az országot. A két király 1538-ban Váradon titokban békét kötött, amely az ország keleti részét Szapolyainak, a nyugatit Ferdinándnak adta azzal a kikötéssel, hogy Szapolyai halála után az egész ország Ferdinándra száll. Az idős és beteg Szapolyainak azonban 1540-ben fia született, (a későbbi János Zsigmond erdélyi fejedelem), akit Szapolyai tíz nappal későbbi halála után hívei a szerződést megszegve királlyá választottak. 1541-ben Buda török kézre került, és az ország másfél évszázadig három részre: a török hódoltságra, a Habsburgok uralma alatt álló királyi Magyarországra és az Erdélyi Fejedelemségre szakadt. A szabadságharc elkerülhetetlenné vált?
A magyar politikában az önálló Erdély létezését csak átmeneti állapotnak tekintették, és azt várták a Habsburgoktól, hogy tegyenek meg mindent a két országrész egyesítéséért, a török kiűzéséért. Azonban csalódniuk kellett: az európai hatalmi harcokba bonyolódó Habsburgok az államszervezetet központosították, a rendeket mellőzték, a törökkel pedig 1568-ban Drinápolyban a status quót szentesítő, időről időre meghosszabbított fegyverszünetet kötöttek.
A „háborús békeévek” 1591-ben értek véget, amikor III. Murád szultán támadásával megkezdődött a tizenöt éves háború. A szultán seregéhez való csatlakozásra utasította hűbéresét, Báthory Zsigmond erdélyi fejedelmet, de a gyenge akaratú és befolyásolható Báthory jezsuita gyóntatója és Bocskai István váradi kapitány hatására a prágai udvarral lépett szövetségre (a trónon ülő II. Rudolf Bécs helyett ugyanis Prágába tette át székhelyét). Az egyesült császári és erdélyi seregek kezdetben sikereket arattak, de 1596-ban Mezőkeresztesnél megsemmisítő vereséget szenvedtek.
A török ezután büntetőhadjáratba kezdett Erdélyben, Báthory pedig többször lemondott, majd visszatért a trónra.
A bécsi udvar 1600-ban Vitéz Mihály havasalföldi vajdát küldte a török ellen, aki Moldovával együtt uralma alá hajtotta Erdélyt is (a román történetírás ezt tekinti „a román földek első egyesítésének”). Giorgio Basta és Mihály csapatai 1601-ben legyőzték Báthory Zsigmond hadait:
Ezzel megvalósult a hőn áhított egység Erdély és a Magyar Királyság között, de nem úgy, ahogy az erdélyi urak várták. Kegyetlen zsarnokság, önkényeskedés és rablás vette kezdetét, a protestáns nemesek ellen felségsértési perek indultak, elkobzott vagyonukkal a mindig üres kincstárat töltötték fel.
Az elégedetlen főurak hamarosan szervezkedni kezdtek a császár ellen, a mozgalom élére Bocskai István állt.
Az 1557-ben született Bocskai a bécsi udvarban nevelkedett, a Habsburg-hű főurat a fiatal Báthory Zsigmond 1592-ben az ország legfontosabb tisztségére, váradi főkapitánynak tette meg, a tizenöt éves háborúban a török ellen Gyurgyevónál fényes győzelmet aratott. Basta rémuralmát látva fokozatosan szembekerült a Habsburg-kormányzattal, emiatt felségsértés vádjával perbe fogták, ahogy politikai végrendeletében írta: „fegyverekkel és ágyúkkal kergettek el Őfelsége hűsége mellől”.
Hazatérve bihari birtokán gazdálkodott, és a törököknél bujdosó Bethlen Gábor bíztatására szervezkedni kezdett a Habsburgok ellen. Levelezése a császáriak kezébe került, és régi ellensége, Belgiojoso kassai kapitány fegyverrel indult ellene.
Bocskai megnyerte magának Németi Balázs és Lippai Balázs hajdúkapitányokat, valamint a hódoltsági területeken bujdosókat, és a Porta megígérte nekik: ha kiűzik Rudolf zsoldosait, fejedelmet választhatnak, akit a szultán is meg fog erősíteni tisztségében.
Bocskai tudta azt is: Belgiojoso tízezres seregében jócskán vannak protestáns, kényszersorozott hajdúk is, akikre számíthat majd. Az ellene küldött seregek 1604. október 14-én Álmosd és Diószeg között igyekeztek egyesülni, amikor az élen haladó hajdú lovasok elszakadtak tőlük.
Az erdélyi országgyűlés 1605. február 21-én fejedelemmé, majd áprilisban a szerencsi országgyűlés Magyarország vezénylő fejedelmévé választotta. Bocskai felismerte: az elért eredmények megőrzéséhez békét kell kötnie a Habsburgokkal, így nem vette fel a királyi címet, a szultán által küldött koronát visszautasította. Mivel a kincstár kiürülése miatt a bécsi udvar is a konfliktus lezárását akarta, a felek 1606. június 23-án Bécsben békét kötöttek.
A békeszerződés értelmében Rudolf király önálló államként ismerte el az Erdélyi Fejedelemséget, Bocskai és utódai megkapták Ugocsa, Szatmár és Bereg vármegyéket, Rudolf biztosította a királyi Magyarországon élők szabad vallásgyakorlását és a rendi sérelmek orvoslását.
Az ugyanebben az évben kötött zsitvatoroki béke a tizenöt éves háborút is lezárta. Bocskai 1606. december 29-én Kassán meghalt, ám előtte még rendelkezett hajdúinak letelepítéséről, nemesítéséről és adómentességéről. Alakja ott látható Genfben a reformáció emlékművén.
(Nemzeti Archívum Sajtóarchívum)
A császáriak utánuk eredtek, de Bocskai közelben tartózkodó hajdúi rájuk támadtak, a hosszú és véres csatában szétkergették a túlerőben lévő ellenséget, sőt ágyúikat is megszerezték. Bocskai üldözőbe vette a Felvidék felé menekülő Belgiojosót, bevette Váradot és Debrecent, majd 1604 novemberében Kassát is, ezzel egész Kelet-Magyarország ura lett. Kassai kiáltványában a nemességet csatlakozásra szólította fel, zászlaja alá gyűltek a mindenüket elvesztett jobbágyok, majd a polgárok és főurak is.