Wenger pedig belement a transzferbe, amit később maga is edzői karrierje egyik legnagyobb hibájaként aposztrofált. Diarra mindössze fél évvel azután, hogy aláírt az Arsenalhoz, elhagyta a klubot, és Portsmouth-ba igazolt. Anyagilag az Ágyúsok nem jártak rosszul, hiszen hétmillió eurót kaptak érte, azonban csak mostanában derült ki, hogy mennyire hiányzott a csapatukból egy hasonló típusú futballista.
A Pompey-nál mindenesetre rögtön bekerült a kezdő tizenegybe, és a góllövő cipőjét is megtalálta: második tétmeccsén új klubja színeiben, a Plymouth elleni FA-kupa-találkozón rögtön betalált, majd a bajnokságban a Bolton Wanderers ellen volt eredményes - ez utóbbi találat egyébként három pontot ért a csapatnak.
A klub az FA-kupában egészen a döntőig jutott, és Diarra egyetlen másodpercet sem hagyott ki, így a Cardiff City elleni finálét is végigjátszotta - a meccset a Portsmouth 1-0-ra megnyerte, és Diarra így egymás után másodszor végzett az élen a sorozatban.
A rendszeres játéklehetőség hatására pedig megőrizte helyét a francia válogatott keretében is, és ott volt az Európa-bajnokságon is, igaz, ott egyetlen másodpercet sem kapott. A kontinensviadal után viszont, Makelele válogatottól való visszavonulásával alapember lett a gall nemzeti tizenegyben, és az új idényben a Portsmouth színeiben is folytatta remeklését.