Mindössze 300 példány készül majd a legerősebb CR-Z-ből, és mindet Japánban fogják értékesíteni. A hivatalosan Honda CR-Z Mugen RZ névre keresztelt csúcsváltozat a nemrég modellfrissítésen átesett normál CR-Z hibrid hajtásának a jelentősen átdolgozott változatát kapja. A legnagyobb különbség, hogy az 1,5 literes motor kapott egy mechanikus feltöltőt, így a teljesítménye 121 lóerőről 156 lóerőre, a nyomatéka pedig 145-ről 185 Nm-re ugrott. Így a komplett IMA hibrid hajtásrendszer összteljesítménye a 20 lóerős villanymotorral már eléri a 176 lóerőt.
Bár a Mugen most nem árulta el a menetteljesítményeket, korábban ezt már megtették a pont ilyen erős tanulmányverzió bemutatásakor. Akkor azt állították, a kompresszoros, kézi váltós CR-Z 6,1 másodperc alatt képes elérni a 100 km/órát, ami kereken három másodperccel jobb a modellfrissítés utáni CR-Z idejénél.
A motoron kívül a kipufogót, a felniket és a fékeket is kicserélte a Mugen sportosabb darabokra, a felnik 17 colosak. Emellett komplett optikai tuningot is kapott a kis kupé nagyobb szárnyakkal, légbeömlőkkel és szpojlerekkel, de a belsejét is átdolgozták, még egy plusz műszert is kapott a középkonzolra.