A Magyar Passió 1950-ben játszódik, amikor Leopold atya (Eperjes Károly) azon dolgozik szerzetestársaival, hogy a háború után újjáéledő országban a ferences rendet ismét felvirágoztassa. Kezdetben a kommunista hatalom nem akadályozza őket tevékenységükben, még a háborúban elrejtett kegytárgyaikat is visszakaphatják.
Ez a „békés" állapot nem tart sokáig.
Leopold atyát koholt vádak alapján letartóztatják, és hogy megtörjék, kegyetlen vallatások alá vetik. Volt diákját, a vallásnak hátat fordító fiatal tisztet, Keller főhadnagyot (Telekes Péter) bízzák meg - Fjodorov őrnagy (Gál Tamás) parancsára - a beismerő vallomás kicsikarásával, akinek az egyre durvább kínzások során a saját erkölcsi határait kell átlépnie.
Az atya kitartása, ellenállása azonban mindent megváltoztat.