A MEH-dokumentum egyik legfontosabb eleme az egyházfinanszírozás kérdése. Ebben a témában a Medgyessy-kormány szakított elődje politikájával, amikor hatályon kívül helyezte az Orbán-kormány azon döntését, amelynek értelmében a népszámlálás adatai alapján osztották volna el az egyházaknak járó több milliárd forintos támogatást.
A közeljövőben várhatóan folytatódik az a jelenlegi gyakorlat, hogy továbbra is az egyszázalékos adófelajánlások arányában osztják el a pénzt az egyházak között. Az új koncepció szerint egy olyan megoldásra van szükség, amely jogszabályi automatizmust alapján működik, azaz a mindenkori kormányoknak nem lesz lehetősége, hogy anyagilag próbálják befolyásolni az egyházakat.
A kormány ennek ellenére fontosnak tartja az egyházak közszolgálati tevékenységének normatív támogatását, a műemlékek és közgyűjtemények megőrzését és fenntartását és az ingatlanrendezés finanszírozását. A törvény előírja, hogy az államosított egyházi ingatlanokat 2011-ig kell visszaszolgáltatni az egyházaknak, de a kabinet szándékai szerint ezt 2006-ig befejeznék.
Az egyházfinanszírozásról tartottak konferenciát a hétvégén a Wesley János Lelkészképző Főiskolán, ahol Bokros Lajos volt pénzügyminiszter előadásában azt mondta: versenyezzenek egymással az egyházak a hívekért, mert különben nem lehet eldönteni, milyen arányban kapjanak támogatást. Szerinte megkérdőjelezhető azoknak a kis egyházaknak a léte, amelyek nem képesek elegendő hívet toborozni. A volt pénzügyminiszter szerint az egyik lehetséges megoldás az egyházi adó bevezetése lehetne.
Gulyás Kálmán egyházügyi államtitkár ugyanakkor elmondta, hogy a legideálisabb az lenne, ha a hívek támogatnák az egyházakat, de a jelenlegi helyzetben elképzelhetetlen, hogy az állam kivonuljon az egyházak finanszírozásából - írja a Magyar Hírlap.