Csütörtökön hazánk felett a légkör alsó 3000 méteres szakaszára napközben továbbra is egyre melegebb légtömegek érkeztek, miközben ezen réteg felett reggel az északi határszélen, majd a középső országrészben már hidegbeáramlás történt. Ennek következtében északról kezdődően egyre labilisabbá vált a légkör.
Reggel egy észak-déli vonalban rendeződött zivatarzóna haladt Szlovákiában nyugatról keletre, mely az Északi-középhegységet is érintette, és sokfelé alakult ki heves zivatar. A zivatarlánc elvonulása után az erős melegedés elég energiát halmozott fel ahhoz, hogy ismét magasra tornyosuljanak a gomolyfelhők a leginkább labilis északkeleti országrészben. Így 16 óra után eleinte egy újabb, a Salgótarján közeli határszéltől délnyugati irányba terjeszkedő zivatarlánc jött létre, majd estére összekapcsolódva más gócokkal, egy összefüggő, közel kör alakú mezoléptékű (kb. 100 km átmérőjű) konvektív komplexum alakult ki. Ebben a komplexumban hatalmas viharok törtek ki, Miskolc közelében tornádót is megfigyeltek. A zivatarok 17 óra környékén érték el a fővárost, annak is leginkább a délkeleti részét.
A komplexumban a nagyobb zivatarok önállóan szupercellát is alkothattak. A szupercella egy vízszintesen általában tíz-húsz kilométer átmérőjű felhőrendszer, melyben rendezett feláramlás, a szélein leáramlás zajlik. A szupercellában jellegzetes forgó mozgás található. Megállapították, hogy tornádók létrejötte is a szupercellákhoz kapcsolódik.
A budapesti zivatart is egy szupercella okozta. A vihar leginkább a dél-pesti térségben tombolt. Intenzitására jellemző, hogy percek alatt egész napos csapadékmennyiség hullott le. A nagyjából kétórás felhőszakadásban helyenként több, mint 70 milliméter eső esett, amely megfelel a június hónap átlagának. Csütörtök délutántól késő estig egymás után hívták ki a tűzoltókat a főváros délkeleti részén.