Júniusban folytatódtak a vezetőcserék. Távozott többek között az APEH vezetője, majd az MFB elnök-vezérigazgatója is. Az ellenzék politikai boszorkányüldözésnek nevezte a leváltásokat. Bírálták az új kormányt azért is, mert szerintük a minisztériumokban is tisztogatásba kezdtek. A választás során azt ígérte Medgyessy, hogy nem lesznek politikai tisztogatások. Az MSZP szerint ugyanakkor kizárólag szakmai alapon döntöttek a személycserékről.
Kiderült, hogy engedély nélkül kezdték el építeni a Citadella-teraszt. A létesítmény tulajdonosát végül hosszas jogi huzavona után csak néhány hete kötelezte jogerősen a bíróság arra, hogy lebontassa a teraszt.
Június 18-án robbant ki az ügynökbotrány. A Magyar Nemzetben megjelent egy dokumentum, amely szerint Medgyessy Péter miniszterelnök titkosügynök volt a hetvenes években. Medgyessy ezek után beismerte: kémelhárító volt a hetvenes években. Rövid koalíciós válság után az SZDSZ végül nem lépett ki a kormányból, bár a botrány kipattanása után egy napig a szabad demokrata frakció többsége még a kilépést támogatta.
Több vizsgálat is indult az Orbán-kormány vitatott döntései miatt. Csak a Kehi 21 ügyben kezdett vizsgálódni. Többek között az MFB szerződéseit, az ISM által indított stadionrekonstrukciós programot és a Terror Háza támogatásának szabályosságát kezdték ellenőrizni. Június legvégén döntöttek a Keller László vezette közpénzügyi államtitkárság létrehozásáról, a Miniszterelnöki Hivatalon belül.
Lomnici Zoltánt megválasztotta a parlament a Legfelsőbb Bíróság új elnökének, öt évre.
Dévényi Tibort kinevezte Jánosi György ifjúsági miniszter minisztériumi tanácsadónak. Az újdonsült szakértő egy nyilatkozatában az internezetőket "társadalomképtelen, sunyi alakoknak" nevezte. Kijelentése miatt - mielőtt még elkezdhette volna tanácsadói munkáját - Jánosi György meg is vált tőle.
Az ügynökügy további fejleménye, hogy Salgó Lászlóról is kiderül: dolgozott az előző rendszerben a BM III-as főcsoportfőnökségénél, elhárító tisztként. A következő hetekben több politikusról is kiderült, hogy ügynök volt.