Minden rendszerváltás utáni kormányfőnél határozottabban vetette fel a Szentszéknél a Magyar Katolikus Egyház világi, politikai szerepvállalását Gyurcsány Ferenc. A miniszterelnök elmondta, hogy vitathatónak tartja azt, ahogy a Magyar Katolikus Egyház állást foglalt a népszavazás ügyében. Emellett értetlenségének adott hangot amiatt, hogy egyházi iskolák tanárai az utcára vitték tüntetni a tanulókat.
A magyar miniszterelnök Rómában kifejtette, hogy ebben kérdésben a II. vatikáni zsinat által elfogadott alapelveket tekinti irányadónak. Az alapelvek szövege szerint "az egyház semmiképpen sem elegyedik a politikai közösséggel, és nincs kötve semmilyen politikai rendszerhez". Gyurcsány elmondta, hogy a zsinat határozatainak nyugat-európai alkalmazására, mint pozitív példákra maga Angelo Sodano bíboros-államtitkár, a Vatikánvárosi Állam "kormányfője" is hivatkozott. A bíboros Gyurcsány szerint úgy vélekedett: talán érdemes magunkévá tenni azt a jézusi tanítást, amely szerint: add meg a császárnak, ami a császáré, s Istennek, ami az Istené. A miniszterelnök elmondta: a pápa jelezte, hogy "érti a problémát".
A miniszterelnök választ kapott a Vatikánban a magyar katolikus egyház szerepvállalásával kapcsolatos aggályaira - közölte vasárnap a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia titkára, Veres András püspök. Veres András úgy fogalmazott: "sejtettük, hogy a miniszterelnök úrnak ez a véleménye a megnyilatkozásunkról. (...) Másképp gondoljuk ezt és azt is tudjuk, mi történt a tárgyaláson, bízom benne, hogy csak azért nem mondta el a választ erre a fölvetésre mert nem kérdezték róla". A vatikáni választ Veres András nem ismertette, annyit mondott: "azt szeretném, hogy a miniszterelnök mondja el ezt." A püspök szerint az egyháznak, így az egyház vezetőjének egyértelműen van szociális, politikai kérdésekben is véleménye, amit meg is jeleníthet. Elmondta: a második vatikáni zsinatban megfogalmazott felfogás szerint a püspökök és a papok ne vegyenek részt a pártpolitikában, viszont az egyháznak és az egyház vezetőjének is van megjeleníthető véleménye, "hiszen az egyház is ebben a világban él és a társadalmat, az emberiség világát próbálja a maga értékeivel gazdagítani".