A biztosítóberendezésnek kellett volna megállítania a hátulról közeledő személyvonatot, azonban a MÁV szóvivő szerint reggel 9-kor kaptak egy bejelentést, hogy a berendezés elromlott. Ezért külön szabályok léptek életbe. Ami azt jelenti, hogy maximum 15 kilométeres sebességgel hajthatott volna be a "térközbe" a személyvonat vezetője. Vagyis a két kilométeres térközben ezt a sebességhatárt kellett volna betartania, kivéve, ha kap egy úgynevezett hívójelet az állomásról, amely feloldja a sebességkorlátozást.
A személyvonat vezetője a vizsgálatok alatt nem dolgozhatott. Valamint olyan traumákat szerzett a tragédia után, hogy igénybe kellett vennie MÁV rehabilitációs programját.
Szakemberek azt vizsgálták, hogy miért nem állította meg a vonatbefolyásoló berendezés a személyvonatot, amikor az gyorsítani kezdett, emellett azt is megvizsgálták, hogy történt-e tudatos beavatkozás. Ugyanis, a vonatbefolyásoló berendezést ki lehet kapcsolni, azonban nem találtak utalást arra, hogy ez így történt volna. Ellenben tudatos beavatkozással hatástalanítani lehet a berendezésnek azt a funkcióját, mivel kábelzárlatot érzékelő vonatbefolyásoló berendezés nem engedte volna, hogy a vonat 15 kilométer per órás sebességnél gyorsabban haladjon.
A mozdonyvezető azonban véletlenül kikapcsolta a vonatbefolyásoló berendezést, mikor egy rövid időre átállt tolató üzemmódba. Ezután már a mozdonyvezető döntésén múlt, milyen gyorsan megy.
Később arra derült fény, hogy a balesetet megelőző egy órában sem működő biztosítóberendezés működésképtelenségét műszaki meghibásodás, egy föld alatt futó kábel zárlata okozta.
A helyszíni szemle során pedig az derült ki, olyan jelzés mellett hagyták el az utolsó, Pilis állomást, amely utalt arra, hogy az előttük lévő pályaszakaszon a biztosítóberendezés működésképtelen.
A személyvonatnál azonban ez nem történt meg: az adatrögzítő alapján a személyvonat az ütközést megelőzően 100-110 kilométer/órás sebességgel haladt, majd onnan kezdett fékezn, emiatt pedig 75-80 kilométeres sebességgel nekiütközött az előtte 10-15 kilométer/ órával haladó Intercity utolsó kocsijának.
A mozdonyvezető mindössze 16 másodperccel azelőtt kezdte meg a vészfékezést, hogy beleütközött az előtte levő InterCitybe. A mozdonyvezető felgyorsított, miután elhagyta Pilis állomást, egy szakaszon 108 kilométer per órával száguldott.
250 méter távolságból vette észre az előtte haladó Intercityt. Ekkor vészfékezett, és hátraszaladt a kocsikba. Figyelmeztette az utasokat, hogy kapaszkodjanak, mert ütközni fognak.
A 46 éves mozdonyvezető 1990 óta volt a MÁV szolgálatában, és korábban nem volt rá panasz, semmilyen balesetet nem okozott. Az ütközés előtti percekben egy szolgálaton kívüli vezető jegyvizsgáló és a vonat kalauza is a vezetőállásban volt, annak ellenér, hogy ez szabálytalan.
Ezután a rendőrség a mozdonyvezető ellen vasúti közlekedés gondatlan veszélyeztetése miatt indított eljárást.
H. András Sándort végül öt év fogházbüntetésre ítélték, amiből csak két és fél évet kellett letöltenie.
A baleset napján lemondott:
Kamarás Miklós lemondását még Szabó Pál fogadta el, a közlekedési miniszterét viszont már a miniszterelnök.