Esterházy Péter így írt róla: "Agota Kristof nem magyar szerző, hanem svájci vagy francia, minthogy franciául ír. Azonban az emlékei magyarok, a táj, amit a szemében hordoz, magyar. Ami nem érték vagy érdem - hanem nagyon érdekes. Hogy van egy nem magyar író, aki magyar könyveket ír, hogy messziről nézi valaki ugyanazt, amit mi innét."
Agota Kristof gyermekkorát szülőfalujában, Csikvándon töltötte, ahol apja tanító volt, két fiútestvére közül a kisebbik, Attila is író lett. Kilencéves volt, amikor a második világháború végén Kőszegre költöztek. A városban nem volt leánygimnázium, ezért a középiskolát bentlakásos kollégistaként végezte el Szombathelyen. Úgy érezte, elszakították gyökereitől, ekkor születtek első versei.
Az érettségi után férjhez ment, két évvel később, 1956-ban férjével és néhány hónapos kislányával Svájcba emigrált. Neuchatelben telepedtek le, ahol a háztartás vezetése és a gyereknevelés mellett egy óragyárban dolgozott.
Munkája kemény és egyhangú volt, de a gépek ritmikus zaja közben verssorok születtek a fejében. Később eladó, majd fogászati asszisztens lett, az ismeretlen nyelvi és kulturális környezetben elszigeteltnek érezte magát. Nehezen illeszkedett be, kínozta a honvágy, vigaszt az írás adott neki.
Kezdetben magyarul írt, költeményeit idővel a Párizsban megjelenő Irodalmi Újság és a Magyar Műhely közölte. Franciául csak 1978-tól kezdett írni hangjátékokat és színdarabokat, a hagyatékát őrző Svájci Irodalmi Archívumban 23 drámát őriznek tollából, ezek közül kilencet mutattak be. Időközben elvált, majd ismét férjhez ment, második házasságából egy leánya és egy fia született.
Az igazi sikert az elbeszélő művek hozták meg számára, melyek ihletői a gyermekkori nosztalgikus és fájdalmas emlékfoszlányok a háborúról és túlélésről. A nagy füzet (Le grand cahier) című regényét több kiadó visszautasította, végül 1986-ban jelent meg.
Az átütő sikerű mű folytatása, A bizonyíték (La preuve) 1988-ban, A harmadik hazugság (Le troisieme mensonge) 1991-ben látott napvilágot.
A trilógia különböző technikák bravúros ötvözete, A nagy füzet a kortárs világirodalom egyik jelentős alkotása, francia irodalmárok szerint a 20. század egyik legfontosabb regénye. Magyarul 1989-ben, a Trilógia pedig 1996-ban a Magvető Kiadó gondozásában látott napvilágot, majd 2013-ban a Cartaphilus is újra megjelentette.
A nagy füzet a háború idején játszódik, az idő és a helyszín nem konkrét, bár érzékelhető. Főszereplője egy ikerpár, akit édesanyjuk írástudatlan és kegyetlen nagymamájuknál hagy egy határ menti kisvárosban. Az egymástól elválaszthatatlan fiúk a barbár körülmények között tanulják meg a túlélés technikáit. Történetük fejlődés- és szenvedéstörténet, amelyben rájönnek, hogy a felnőttek világában minden megtörténhet, ezért mindenre készen kell állniuk. Mindezt naplóban, az apjuktól kapott füzetben rögzítik érzelemmentes tárgyilagossággal. A mű nyelvezete rövid, lecsupaszított, kegyetlenül egyszerű, talán azért is, mert nem az író anyanyelvén, hanem egy felnőttként megtanult nyelven íródott.
A regényből több színpadi adaptáció készült, Magyarországon legutóbb a Szkéné Színházban mutatták be a Forte Társulat produkciójában.
A Szász János által készített filmadaptáció 2013-ban a 48. Karlovy Vary-i Nemzetközi Filmfesztiválon elnyerte a nagydíjat, a Kristály Glóbuszt.
1995-ben jelent meg az írónő Tegnap című regénye, amely a "Nem írok többet" mondattal zárult. 2004-ben mégis elkészült Az analfabéta című, önéletrajzi írásokat tartalmazó gyűjteménye, amelyben a beilleszkedés gyötrelmeiről írt, elmesélve, milyen magányosnak és megalázottnak érezte magát új hazájában azért, mert felnőtten vált ismét analfabétává.
"Több mint harminc éve beszélek, húsz éve írok is franciául, de még mindig nem ismerem. Nem beszélem hiba nélkül, és csak a szótár gyakori használatával tudok rajta helyesen írni. Ezért hívom a francia nyelvet is ellenséges nyelvnek. És van még egy oka, amiért így hívom, és ez az utóbbi a súlyosabb: ez a nyelv az, amelyik folyamatosan gyilkolja az anyanyelvemet"- vallotta. 2005-ben jelent meg Mindegy címmel novellákat és színműveket tartalmazó utolsó kötete.
Agota Kristof műveit közel negyven nyelvre fordították le. 1988-ban Olaszországban Alberto Moravia-díjjal, Németországban életművéért 2001-ben Gottfried Keller-díjjal, majd 2005-ben Schiller-díjjal tüntették ki, 2008-ban megkapta az Európai Irodalom Osztrák Állami Díját. 2011 márciusában Kossuth-díjjal tüntették ki, de ekkor már nagybeteg volt.
Nem sokkal később, július 27-én hunyt el Neuchatelben. Hamvait a kőszegi temetőben helyezték örök nyugalomra, a városban nevét őrző irodalmi kutatóműhelyt hoztak létre. A szombathelyi Kanizsai Dorottya Gimnázium falán tiszteletére emléktáblát avattak 2014-ben.