A berlini újság értesülése szerint a terv véletlenül került elő egy Fülöp-szigeteki rendőrségi akció során. 1995 januárjában, néhány nappal II. János Pál pápa szigetországi látogatása előtt a manilai nunciatúrától néhány utcányira tűz ütött ki egy lakásban. A rendőrség a lakásban vegyszerekből készült pokolgépre bukkant. A terv szerint a terroristák papi öltözékbe bújva öngyilkos merényletet követtek volna el a pápa ellen.
A lakás bérlőiről kiderült, hogy bin Laden hálózatának vezető terroristái voltak, és mindhárman pilótaiskolába jártak a Fülöp-szigeteken. Az egyik terrorista számítógépén a helyi rendőrség "Bojinka tervezet" címmel egy olyan fogalmazványt talált, amelyben részletesen taglalták, hogyan robbantanak fel egyidejűleg 11, az Egyesült Államok nyugati partja felé tartó utasszállító repülőt. A Die Welt információi szerint a szövegben konkrét célpontként említették meg a CIA főhadiszállását, a New York-i Világkereskedelmi Központot és a chicagói Sears-tornyot is.
A "Bojinka tervezetet" ugyanakkor mind a CIA, mind pedig az FBI részletesen ismerte. A merényletek terve 1997-ben a manhattani kerületi bíróság aktáiban is felbukkant, a Világkereskedelmi Központ ellen 1993-ban elkövetett, első merénylet irányítójának peréről készült iratokban.