Stambolicot a belgrádi topcideri temetőben lévő családi kriptájában helyezték végső nyugalomra. A brutális módon meggyilkolt politikust néhány százan kísérték utolsó útjára. A családtagokon és a politikus közeli barátain kívül a temetésen jelen volt a belgrádi politikai és katonai vezetés, részt vett Zoran Zivkovic szerb és Milo Djukanovic montenegrói kormányfő is.
A temetés idején rendőrök sokasága ügyelt a biztonságra. Minden állami intézmény félárbocra eresztette az ország lobogóját.
A temetésen Bosko Kovacevic, a Stambolic kiszabadítására alakult bizottság tagja azt hangoztatta, hogy a politikus haláláért felelősök kilétét nehéz lesz megállapítani, s az igazság háttérbe szorul mindaddig, amíg Szerbiában a hazugság, az erőszak és a kizárólagosság uralkodik. Latinka Perovic ismert belgrádi történész szerint Stambolic politikai meggyőződése miatt halt meg, de továbbra sem tudni, hogy kik gyilkolták meg. Grujica Spasovic, a Danas című belgrádi lap felelős és főszerkesztője azt hangoztatta, hogy Szerbia polgárait örömmel töltötte el két és fél évvel ezelőtti rendszerváltás, de arcukra fogyott a mosoly, amikor tudomást szereztek róla, hogy milyen bűncselekmények történtek az országban az elmúlt évtizedben.
Stambolic Milosevic ellenfele volt
Ivan Stambolicot 2000. augusztus 25-én rabolták el, de csak a Zoran Djindjic meggyilkolt kormányfő gyilkosai után folytatott hajszában, március végén derült fény arra, hogy még aznap meggyilkolták, s holttestét egy Újvidék melletti erdőben, meszesgödörbe ásták el. Az emberrablást és a gyilkosságot állambiztonsági kommandó (JSO), az úgynevezett vörössapkás osztag öt tagja hajtotta végre, egyenként 20 ezer német márkát kaptak érte.Bebizonyosodott, hogy Stambolic eltávolítására Rade Markovic, a milosevici korszak teljhatalmú titkosszolgálati főnöke adott utasítást. Alapos a gyanú, hogy Slobodan Milosevic volt jugoszláv államfő vagy a neje, Mira Markovic rendelte el Stambolic kivégzését.
Az akkori milosevici ellenzéket tömörítő pártszövetség, a DOS egyes politikusai közvetlenül az emberrablás előtt felkérték a politikust, hogy induljon Milosevic ellenében a szeptemberi elnökválasztáson. Az akkor már 63 éves Stambolic azzal a feltétellel fogadta el a jelölést, hogy személyéről legyen egyetértés a másfél tucatnyi pártot tömörítő DOS-ban. A tömörülésben állítólag nem fogadta mindenki egyöntetű lelkesedéssel azt, hogy hithű kommunistát mérettessenek meg a választáson.