Amrozi - Az úgynevezett mosolygó gyilkos volt az első, akit őrizetbe vettek a bali merényletben játszott szerepe miatt. Augusztus 7-én halálra ítélték. Védői, miután fellebbezésüket a bali bíróság elutasította, bejelentették, hogy a legfelsőbb bírósághoz fordulnak.
Imam Samudra - A vádak szerint a 33 éves számítógépes szakértő volt az akció parancsnoka. Samudra elismerte, hogy részt vett a terrortámadásban, de azt cáfolta, hogy ő lett volna a parancsnok. Szeptember 10-én halálra ítélték.
Ali Imron - Amrozi és az ügyben gyanúsítottként szerepelő Mukhlas öccse. Ő tette a legrészletesebb tanúvallomást. A 33 éves Imron öltönyben és nyakkendőben járult bírái elé, holott a többi vádlott tradícionális muzulmán ruhában jelent meg. Szeptember 18-án életfogytig tartó börtönbüntetést szabtak ki ellene.
Hambali - Az indonéz hittérítőt Thaiföldön vették őrizetbe a múlt hónapban, azóta amerikai fogságban van. A rendőrség szerint ő a bali merénylet mögött gyanított Dzsemáa Iszlámíja délkelet-ázsiai terrorszervezet műveleti főnöke.
Mukhlas - a vád szerint a Dzsemáa Iszlámíja magas tisztséget betöltő tagja. Visszavonta a rendőrségen tett vallomását, azt állítva, hogy a beismerést kikényszerítették belőle. Az ügyész Mukhlasra halálbüntetés kiszabását kérte, ítélet október 2-án várható.
Azahari - A szökésben lévő malajziai elektronikai szakértő ellen az a vád, hogy ő készítette a merényletben használt két bomba közül a pusztítóbb hatásút.
Abu Bakar Bashir indonéz muzulmán vallási vezetőt lehetett a bali merénylet ösztönzője. A 65 éves férfi, akire ebben a hónapban szabtak ki négyévi börtönbüntetést, tagadja, hogy terrorcselekményben vett volna részt. Korániskolájában ugyanakkor a Dzsemáa Iszlámíja több vezetője megfordult, közülük egyeseket a bali merényletért ítéltek el.