Az amerikai fegyveres erők soraiban évente sok száz ügyben ítélkeznek katonai bíróságok, részben olyan ügyekben - a gyilkosságtól az ittas vezetésig - amelyekről a polgári büntetőjog is rendelkezik, részben pedig katonai bűncselekményekben, amelyek a dezertálástól az igazolatlan hiányzáson át a függelemsértésig terjednek.
A bűncselekmény súlyától függően a per lefolytatása lehet egyszerűsített, különleges vagy pedig általános. Jeremy Sivitsnek, az iraki börtönbotrány koronatanújának a pere a vádalku ételmében a különleges eljárás kategóriájába tartozott, sőt az ilyen perben szokásossal ellentétben három bíró helyett csak egy ítélkezett, és nem volt ügyész és háromtagú esküdtszék sem. A különleges eljárás kategóriájában a legsúlyosabb büntetés 12 hónapi elzárás lehet.
A The Wall Street Journal szerdai száma szerint a katonai perek esküdtjeit a helyi katonai parancsnokok állítják össze. Bagdadban ezt Thomas Metz vezérőrnagy, a 3. hadtest parancsnoka végzi majd a soron következő perekben. Az esküdtek vagy csak tisztekből vagy tisztekből és szerződéses katonákból állnak, de egyikük sem lehet alacsonyabb rangú a vádlottnál. Az esküdteknek - a halálbüntetés kivételével - nem kell egyhangúlag döntenie, elégséges a kétharmados döntés is.
Az ítélethozatal is rugalmasabb a polgári pereknél, az adott eljárás kategóriáján belül nincsenek kötelező irányelvek, s a büntetési tételt gyakran enyhítik jó viselkedés címén. Az enyhének talált büntetés ellen a katonai ügyész nem fellebbezhet. A per a polgári büntetőjog mércéjével mérve rendkívül gyors, még a legbonyolultabb ügyek sem tartanak két-három napnál tovább.
A polgári perekben az ambiciózus ügyészek gyakran próbálnak azzal, hogy az alsóbbrendű vádlottakból préseljenek ki információkat a "nagyhalak" elítéléséhez. A katonai hadbíróságok esetén a bírálók szerint az ügyészekben jóval kisebb a késztetés erre, a Pentagon polgári vezetői pedig kívül esnek a katonai büntetőjog hatályának határain.
Az eddigi leglátványosabb hadbírósági pert 1971-ben rendezték, amelyen William Calley hadnagyot a vietnami My Lai faluban elkövetett mészárlásért életfogytiglani börtönre ítélték. Richard Nixon elnök az ítéletet saját hatáskörében végül három és fél év házi őrizetre enyhítette.