A következő pápa megválasztásának szabályait II. János Pál részletesen szabályozta 1996-ban. A szigorú választási rendszer szakított azzal az évszázados hagyománnyal, ami megengedte, hogy a Szentlélek által inspirálva közfelkiáltással, illetve kisebb delegációk egyeztetéssel is választhassanak pápát. A szűk körű tárgyalás és az isteni sugallat lehetőségének kizárásával maradt a szavazásos módszer.
Eszerint minden bíborosnak egy szavazata van és az új pápa megválasztásához kétharmados többség szükséges. Naponta négy szavazást lehet tartani, kettőt délelőtt és kettőt délután. Ha tizenkét forduló (három nap) is kevés a döntéshez, akkor huszonnégy órás szünet következik, ami közben egyeztetni szabad, de szavazás nem történhet. A kilencedik eredménytelen nap után a konklávénak joga van úgy dönteni, hogy egyszerű többség is elegendő legyen az érvényes választáshoz. II. János Pált 1978-ban a nyolcadik fordulóban (a második nap utolsó szavazásán) sikerült megválasztani. Akkor 111 bíboros közül 99 szavazott rá.
A bíborosok a szavazások után a szavazatokat tűvel, cérnával összefércelik, és különböző vegyi anyagok hozzáadásával elégetik. Amíg nincs új pápa, addig olyan anyagokat kevernek a szavazatokhoz, amelyek szürke, vagy fekete füstöt okoznak. Amikor megválasztották az új pápát, fehér füstöt okozó anyagot kevernek a szavazatokhoz. Az új pápa akkor lesz hivatalosan is egyházfő, ha kijelenti: "Accepto", vagyis elfogadja a tisztet. Ezt követően egy vezető bíboros jelenik meg a Szent Péter bazilika középső ablakában és közli: "Habemus papam" - van pápánk - majd latinul folytatja és közli a kiválasztott nevét.
A pápa halála után nem hamarabb mint 15, de nem később mint 20 napon belül kell összeülnie a Sixtusi Kápolnában a pápaválasztó konklávénak.
Régi hagyomány, hogy a konklávé tagjai csak egymással kommunikálhatnak. Évszázadokkal ezelőtt arra is volt példa, hogy szó szerint bezárták őket. II. János Pál az elzártságot is szabályozta. A konklávé üléseit a Sixtusi Kápolnában tartják. A múltban a bíborosok ideiglenes szálláshelyet alakítottak ki a kápolnában, ám ezt megváltoztatták, az ülések között a bíborosoknak a kilencvenes években épített Szent Márta Házba kell visszavonulniuk, amit alagút köt össze a Sixtusi Kápolnával. A bíborosok nem találkozhatnak senkivel, telefont, számítógépet, tévét, rádiót nem használhatnak, újságot nem olvashatnak. A szálláshely, illetve a kápolna falait szakemberek ellenőrzik aprólékosan, hogy kiszűrjék az esetleg odatelepített lehallgató-berendezéseket.
A konklávé tagjai azok a bíborosok lehetnek, akik a pápa halálának napján még nem töltötték be nyolcvanadik életévüket. Jelenleg 117 bíboros felel meg ennek a kritériumnak. A Szent Márta Házban összesen 120 lakosztály van, ami azt jelzi, hogy ennél többen akkor sem szavazhatnának, ha több 80 év alatti bíboros lenne hivatalban. Magyarországot most két bíboros is képviselheti: Paskai László nyugalmazott budapest-esztergomi érsek és Erdő Péter jelenlegi érsek. Erdőt 2003-ban emelte bíborossá a pápa, ő a legfiatalabb bíborosa az egyháznak. A magyar bíborosok nem egyeztetnek utazásuk előtt a magyar egyházi vezetőkkel, felhatalmazás nélkül utaznak Rómába.
Elképzelhető, hogy eggyel többen lesznek a bíborosok, mint amennyire a világ számít. 2003-ban ugyanis bíborosi rangra emelt a pápa egy személyt, akiről nem árulta el hogy kicsoda, a "szívébe zárta" őt a hivatalos vatikáni fogalmazás szerint. Ha kiderül hogy kiről van szó, és az illető még nincs 80 éves, akkor szintén szavazati joga lesz. A Magyar Katolikus Püspöki Kar sajtótitkárságától úgy értesültünk, hogy várhatóan 118 tagja lesz a konklávénak.
A konklávéba a bíborosok 52 országból érkeznek, közel felük európai. Túlnyomó többségüket II. János Pál pápa nevezte ki, aki megsokszorozta az afrikai, dél-amerikai és ázsiai bíborosok számát. A legtöbben azonban továbbra is Olaszországot képviselik, Itália 20 bíborossal képviseltetheti magát a szavazáson. 1978 előtt utoljára 1523-ban választott nem olasz pápát a konklávé.