A latin nyelvű gyászmisén, amelynek liturgiája néhány kisebb módosítást leszámítva megegyezett a pápai szolgálat ideje alatt meghalt egyházfők búcsúztatásáéval,
Ferenc pápa végső búcsút vett a halottól, és Isten vigasztalását kérte az egyház számára.
Ferenc pápa elsősorban az Istenbe vetett bizalomról és az Isten iránti odaadásról beszélt XVI. Benedek nyugalmazott pápa csütörtöki gyászmiséjén elmondott prédikációjában, csak beszédének végén említette közvetlenül a volt egyházfőt, mint a Vőlegény (Jézus) hű barátját.
A mise végének közeledtével Ferenc szentelt vizet hintett a koporsóra és körbetömjénezte azt, miközben latinul a következőket mondta:
Irgalmas Atyánk, kegyelmedbe ajánljuk Benedek emeritus pápát, akit Péter utódjává és az egyház pásztorává tettél, és aki igéd félelmet nem ismerő hirdetője, illetve az isteni misztériumok hű szolgálója volt.
A kórus válaszul a következőt énekelte, ugyancsak latinul:
a paradicsomba vezessenek be téged az angyalok, érkezésedre siessenek oda az apostolok! Fogadjanak téged a vértanúk, és vigyenek be a szent városba, Jeruzsálembe!
A gyászmise egyik imája Istenhez szóló könyörgéseket tartalmazott mind XVI. Benedekért, mind Ferenc pápáért.
"Elismert teológusként" méltatja XVI. Benedeket a műveinek összefoglalását tartalmazó tekercs (rogitum), amelyet még a temetési szertartás előtt helyeztek el a koporsóban.
A dokumentum kiemeli, hogy XVI. Benedek pápaként, nagy tekintélyű teológusként a hit alapigazságainak terén végzett tanulmányaival gazdag örökséget hagyott maga után.
A római Szent Péter téren tartott nyilvános gyászszertartás után visszavitték XVI. Benedek nyugalmazott pápa koporsóját a Szent Péter-székesegyházba,
hogy ott a nyilvánosság előtt elzárt ceremónián helyezzék végső nyugalomra a néhai egyházfőt.
XVI. Benedek ciprusfa koporsóját egy tartósító hatású cinkkoporsóba, azt pedig egy újabb fakoporsóba helyezik, majd a bazilika kriptájának azon szerény sírhelyére fektetik, ahol elődei közül a később szentté avatott XXIII. János és II. János Pál pápa is nyugodott átmenetileg.
Mielőtt a koporsó eltűnt a bazilika kapui mögött, Ferenc pápa megáldotta, kezével megérintette és meghajolt előtte. Csókkal illette a koporsót a téren Georg Gänswein érsek, aki évtizedeken át volt a pápa személyi titkára, legfőbb bizalmasa.
A temetés kihívás elé állította a vatikáni hatóságokat, mert
a katolikus egyház kétezer éves történetében még nem volt példa arra, hogy egy halott pápát a hivatalban lévő pápa búcsúztassa.
Utoljára 2005-ben temettek pápát a Vatikánban, II. János Pált, őt a most meghalt pápa búcsúztatta akkor még bíborosként.
A vatikáni csendőrség 50 ezerre becsülte a temetésre összegyűltek számát.
A Szent Péter térre való bejutás gyorsan, de biztonsági átvizsgálás mellett zajlott, folyadékot tartalmazó palackokat nem lehetett bevinni.
A borongós, hűvös időben térdepelve imádkozó, megrendült emberek, kisgyermekekkel részt vevő családok, idősek és fiatalok egyaránt elbúcsúztak XVI. Benedek nyugalmazott pápától. A liturgia szövegét a hívők nyomtatott füzetecske segítségével követhették.
A koporsó bevitele alatt a gyászoló tömeg tapssal és a "Köszönjük, Benedek pápa" molinóval búcsúzott XVI. Benedektől.
A gyászolók közül sokan érkeztek Németországból, főleg a néhai pápa szűkebb hazájából, Bajorországból.
A gyászmisén részt vett Novák Katalin köztársasági elnök és férje, Veres István, valamint Semjén Zsolt miniszterelnök-helyettes.
A néhai nyugalmazott pápa, aki 2005 és 2013 között volt a római katolikus egyház feje, 95 éves korában, december 31-én 9 óra 34 perckor halt meg.
XVI. Benedek hat évszázada az első olyan pápa volt, aki lemondott tisztségéről.