Az önkormányzat legnagyobb botránya az elmúlt négy évben Szabó Gábor nyelvvizsga botránya volt. Az ügy egy ismeretlen feljelentő telefonhívása kapcsán robbant ki, amiből az derült ki, hogy Szabó szociológia doktori munkájának megvédésekor nem rendelkezett a feltételként előírt nyelvvizsgával. Mint végül kiderült, Szabónak valóban nem volt meg az állami nyelvvizsgája doktori védésekor. Ehelyett főiskolai orosz záróvizsgájának igazolását adta le, mert állítása szerint azt hitte, hogy azt is elfogadják a vizsgán. Az ügy érdekessége az volt, hogy Szabót akkor sem lehetett volna felelősségre vonni, ha a rendőrség bizonyítékot talál a közokirat-hamisításra, amivel többen is gyanúsították a polgármestert, mert a bűntett már rég elévült volna az ítélethírdetésre. A botrány miatt a Fidesz támogatottsága a városban 50 százalékról öt százalékra csökkent, több tag is kilépett a pártból. Szabót 2000 januárjában a Fidesz Vas megyei választmánya kizárta a megyei pártszervezetből, de a helyi polgári frakció továbbra is támogatásáról biztosította a függetlenné vált polgármestert. Az ELTE doktori tanácsa viszont úgy döntött, hogy a polgármester megtarthatja doktori címét. A rendőrség a nyomozást bizonyíték hiányában megszüntette.
Országos visszhangot keltett a város közszolgálati lapja körül kialakult vita is. A vita oka az volt, hogy a városvezetés 2000 májusában elbocsátotta a lapot kiadó kht. igazgatóját, az újonnan kinevezett vezető pedig rendszeresen felülbírálta a főszerkesztő döntéseit. A vezető kinevezése ellen tiltakozott a helyi ellenzék. Az SZDSZ Új Generációjának helyi szervzete azzal vádolta a fideszes városvezetést, hogy totális ellenőrzése alá vonta a lapot. A Savaria Fórum vezetőváltása miatt az ellenzék a polgármester lemondását követelte, mert szerintük a kinevezés veszélyeztette a település demokratikus működését. A várost irányító polgári koalíció szerint azonban gazdasági okok miatt választottak új igazgatót a lapot kiadó társaság élére.
A városban az egyik legnagyobb vitatéma az elmúlt négy évben Szombathely rossz pénzügyi helyzete volt. Az önkormányzat költségvetési kiadásai 2000-ben 1,6 milliárd forinttal haladták meg a város bevételeit. A rossz gazdasági helyzet legfőbb oka az, hogy miközben a privatizációból származó bevételek évről évre csökkentek, addig a város kiadásai szinten maradtak. Pénzügyi elemzők szerint a privatizációs bevételek csökkenését már 1996-ban előre lehetett jelezni, de a város akkori vezetése nem tette meg a szükséges lépéseket. Prugberger Emil alpolgármester szerint a költségvetési hiány oka a központi források csökkenése volt, valamint az, hogy az előző önkormányzati vezetés nem fordított gondot tartalék képzésére.
A város veszteséges költségvetéséhez kapcsolódó botrány volt, hogy a képviselő-testület 2000 elején több mint 700 ezer forint jutalmat szavazott meg Szabónak, pedig ezt semmi nem írta elő, és a város költségvetése már akkor is nagyon rossz helyzetben volt.
Kampánytémává válhat a város főterét sokáig elcsúfító egykori pártház is. Az épületet használó Berzsenyi Dániel Főiskola 2000-ben szerezte meg az átalakításhoz szükséges PHARE-támogatást. A régóta esedékes átépítéshez az önkormányzat is hozzájárult több mint 25 millió forinttal.