A testvérpár vezetésével a klub az 1994-95-ös szezonban is igen közel került a feljutáshoz, de ez csak a következő idényben sikerült neki, és az élvonalban is igen jól szerepelt, az 1996-97-es idényben hatalmas meglepetésre a dobogón végzett, és Émile Mpenza ehhez 12 góllal járult hozzá.
Ekkor már tagja volt a korosztályos válogatottnak, ott volt az 1996-os ifi-Eb-n, és amikor a Mouscron edzője, Georges Leekens lett a szövetségi kapitány, akkor a nagycsapatban is bemutatkozhatott. Várható volt, hogy nem fog sokáig maradni a Mouscronban, és így is történt: testvérével együtt a Standard Liége-be igazolt.
Itt már nem volt olyan eredményes, mint előző együttesében, első szezonjában hat gólig jutott, és a következőben tízig jutott, de ennek ellenére továbbra is alapember maradt a nemzeti tizenegyben. Idővel egyre több külföldi klub érdeklődött iránta, és amikor testvére 1999 nyarán eligazolt a Sporting Lisboába, és ezzel pályafutásuk során először elváltak útjaik, Émile is úgy döntött, hogy kipróbálja magát légiósként.
Némi meglepetésre a Schalke 04 ajánlatát fogadta el, a gelsenkircheniek 2000 januárjában Bundesliga-rekordnak számító 17 millió márkát fizettek érte. Eleinte nem is lehetett rá panasz, fél szezon alatt hat gólig jutott, majd a legutóbbi pontvadászatban 13-szor volt eredményes, de a jelenlegi bajnokságban nem megy neki a játék. Sérülés is hátráltatta, és bár a Schalke orvosi stábja szerint a Mallorca elleni BL-meccsre felgyógyulhatott volna, ő kijelentette, hogy semmiképpen sem lép pályára, ezért a klub vezetősége hazaküldte őt.
Korábban: