Az Atlético edzőfaló elnöke, Jesús Gil y Gil azonban nem volt elég büszke fiaira, mert egy évvel később úgy döntött, hogy megszünteti a klub utánpótlását.
Az utánpótlás-nevelés megszüntetésével pedig a fürdővízzel együtt a gyereket is kiöntötte az ablakon: Raúl ugyanis a nagy rivális, a Real Madrid futballistája lett.
Persze maradhatott volna az Atléticónál is, mert bár a korosztályos csapat megszűnt, a klub természetesen szerette volna megtartani őt. Fel is ajánlották Raúlnak, hogy havi nyolcezer pezetás ösztöndíjat fizetnek neki, és a utazási költségeit is állják.
Ezt a pénzt azonban nem fizették ki időben, mire Raúl édesapja úgy döntött, ha fia nem ér meg ennyit az Atléticónak, akkor ne is játsszon ott. Amiatt nem kellett aggódnia, hogy csemetéje csapat nélkül marad, hiszen a Real Madrid már régóta próbálkozott az ifjú szupertehetség megszerzésével. Ez végül Fermín Gutiérrez, az egykori Real-játékos segítségével sikerült is. Gutiérrez akkoriban a királyi gárda utánpótlásánál dolgozott, és meggyőzte Raúlt, hogy szerződjön át a másik madridi együttesbe, amely nem csak megígérte, hanem ki is fizette a pénzbeli juttatást.
Raúl így tehát minden reggel buszra szállt, hogy elzötyögjön a Real utánpótlás-központjába, ahol hamar kiemeltként kezelték. Nem véletlenül: játéka láttán minden hozzáértő elismerően csettintett, és góljai magukért beszéltek. A Real-serdülővel 1993-ban ugyanúgy bajnokságot nyert, mint egy évvel korábban az Atléticóval, az 1993-94-es idényben már egy korosztállyal feljebb rúgott 40 gólt, és mindössze 16 évesen már két mérkőzést játszhatott a 19 évesek között.
A rá következő szezont már a Real harmadik csapatában kezdte, ahol hét meccsen 13 alkalommal volt eredményes a spanyol harmadik vonalban, a Segunda B-ben. Ez felhívta rá a nagycsapat vezetőjének, Jorge Valdanónak a figyelmét, aki október elején a Karlsruher SC elleni barátságos mérkőzésen kipróbálta a fiatal tehetséget.