A pénteki, Annemasse és Lons-le-Saunier közötti 204,5 km-es etap az előre megjósolható forgatókönyv szerint zajlott: a rajt után szinte azonnal megszökött egy kisebb, hat tagú boly, amelynek kerekesei azután sikeresen "hazaértek".
Az élen tekerők a cél előtt 15 km-rel gondolták úgy, hogy megpróbálják eldönteni a szakaszgyőzelem sorsát, ezért Mercado és honfitársa, Vicente Garcia Acosta támadásba lendült, majd el is lépett vetélytársaitól. A cél előtt a két kerekes hatalmas sprintversenybe kezdett, amely végén Bodrogi László klubtársa (Quickstep-Davitamon) örülhetett.
18. szakasz, Annemasse - Lons-le-Saunier, 204,5 km:
1. Mercado (spanyol, Ouickstep-Davitamon) 4:04:03 ó
2. Garcia Acosta (spanyol, Illes Baleares) azonos idővel
3. Fofonov (kazah, Cofidis) 11 mp. hátrány
4. Joly (francia, Credit Agricole) a.i.
5. Lotz (holland, Rabobank) a.i.
6. Flecha (spanyol, Fassa Bortolo) a.i.
Összetettben (sárga trikó):
1. Armstrong (amerikai, US Postal) 78:20:28 ó
2. Basso (olasz, CSC) 4:09 perc hátrány
3. Klöden (német, T-Mobile) 5:11 p. h.
4. Ullrich (német, T-Mobile) 8:08 p. h.
5. Azevedo (portugál, US Postal) 10:41 p. h.
6. Mancebo (spanyol, Illes Baleares) 11:45 p. h.
Szombaton a Besancon körüli 55 km-es egyéni időfutam vár a versenyzőkre.