A Chablis és Autun közötti, nyolc kisebb-nagyobb dombbal és heggyel tarkított, 182,5 km-es etapon - akárcsak eddig - a várakozásoknak megfelelően sprintbefutó döntött. Ezúttal Pozzato haladt át elsőként a célvonalon, de alig fél kerékkel előzte csak meg a háromszoros világbajnok spanyol Oscar Freirét.
A viadal egyik favoritjának tartott kazah Alekszandr Vinokurov 25 km-re a céltól bukásba keveredett, melynek következtében 1:20 perccel a szakaszgyőztes után ért célba, így hátránya összetettben több mint két percre nőtt az élen álló Cancellarával szemben. Az összetettben második helyen álló német Andreas Klöden farkcsontját törte.
Eredmények, 5. szakasz, Chablis-Autun, 182,5 km:
1. Filippo Pozzato (olasz, Liquigas) 4:39:01 ó
2. Oscar Freire (spanyol, Rabobank) azonos idővel
3. Daniele Bennati (olasz, Lampre) a.i.
...83. Alekszandr Vinokurov (kazah, Astana) 1:20 p hátrány
Az összetettben (sárga trikó):
1. Fabian Cancellara (svájci, CSC) 24:28:56 ó
2. Andreas Klöden (német, Astana) 33 mp hátrány
3. Pozzato 35 mp h.
Pénteken a Semur-en-Auxois és Bourg-en-Bresse közötti 199,5 km-es szakasz vár a mezőnyre.