A 167 km-es etap vége rendkívül nehéz hegyre, az ausztriai Grossglocknerre vezetett fel, Amelyen a Giro 2008-as spanyol bajnoka több mint másfél perccel hagyta maga mögött legnagyobb riválisait, az egyaránt olasz Vincenzo Nibalit és Michele Scarponit, akik így jelentős hátrányba kerültek.
Contador a végén Rujano Guillennel párban ért fel a hegyre, és átengedte a győzelmet az őt segítő venezuelai bringásnak.
Eredmény:
13. szakasz, Spilimbergo-Grossglockner, 167 km, hegyi befutó:
1. José Rujano Guillen (venezuelai, Androni Giocattoli) 4:45:54 ó
2. Alberto Contador (spanyol, Saxo Bank) azonos idővel
3. John Gadret (francia, AG2R) 1:27 p hátrány
Az összetettben:
1. Contador 49:40:58 ó
2. Vincenzo Nibali (olasz, Liquigas) 3:09 p hátrány
3. Michele Scarponi (olasz, Lampre) 3:16 p h.
Szombaton a Linz és Monte Zoncolan közötti 210 km-es etap vár a mezőnyre.