Donati 1981. március 26-án született Sedeglianóban, de a bergamói Atalantánál kezdte pályafutását. Ifistaként többnyire a vele azonos korosztályba tartozó Samuel Dalla Bonával versengett a csapatba kerülésért, ám amikor a középpályást az angol Chelsea tizenévesen leigazolta, akkor Donati előtt is megnyílt az út.
Az első csapatban az 1999-2000-es idényben mutatkozott be, éa a Serie B-ben húsz találkozón egyszer volt eredményes. A klub fel is jutott a legjobbak közé, Donatira pedig az AC Milan figyelt fel, és a milánóiak tízmillió fontnak megfelelő összeget adtak érte, hogy azonnal visszakölcsönözzék az Atalantának.
A középpályás a Serie A-ban tehát a bergamóiak színeiben debütált 2000. október elsején a Lazio ellen, és az idény során remek teljesítményt nyújtott - 26 találkozón egyszer volt eredményes. A Milan ekkor már igényt tartott rá, de Donati számára a konkurencia még így is túl nagy volt, az előző szezonban mindössze 17 alkalommal lépett pályára.
Az utánpótlás-válogatottban azért meghatározó ember maradt, szerepelt a nyári Európa-bajnokságon, ahol a taljánok az elődöntőben kaptak ki a későbbi győztes csehektől. Ezt követően azonban rossz hír várt Donatira: a Milan ugyanis megvette egykori vetélytársát, Dalla Bonát, majd nem sokkal később Rivaldót is, így rá megint a kispad várt. Ennek elkerülése végett egy idényre a Parmához igazolt.