1978. január 28-án született a szenegáli fővárosban, és hazájában az Espoir Dakar, a Sattigues, és a Diaraf Dakar csapataiban szerepelt. 1999-ben került Európába, a svájci Vevey Sports szerződtette, majd egy évvel később az élvonalbeli Neuchatel Xamax vette meg. A Xamaxban fél szezon alatt 19 meccsen négyszer volt eredményes, ami fel is keltette a Grasshoppers figyelmét. A zürichi gárda 2000 decemberében vette meg, a bajnokság hátralévő részében egyszer volt eredményes, és aranyat nyert a csapattal. Az év elején szerződött a Lens-ba.
A klub ugyan még januárban leigazolta Diopot, de egy darabig nem számíthatott rá, mivel a játékos a szenegáli csapattal részt vett a februárban megrendezett Afrikai Nemzetek Kupáján. A kontinensviadalon csapata mindegyik találkozóját végigjátszotta, és az elődöntőben a szenegáliak az ő találatával verték ki Nigériát. A fináléban aztán a kameruniak, ha tizenegyesekkel is, de jobbnak bizonyulta, ám már ez is jelezte, hogy Szenegállal számolni kell a vébén. Ennek ellenére kevesen gondolták volna, hogy a World Cup nyitómeccsén a franciák számára gondot okozhat majd az afrikai együttes.
A szenegáliak azonban a vébék egyik legnagyobb meglepetését okozták, és győztes góljukat, avagy a torna legelső találatát éppen Pape Bouba Diop szerezte. Ezzel rögtön a figyelem középpontjába került, amit a következő mérkőzésen, a dánok ellen pocsék játékkal "ünnepelt". Hogy mégsem véletlen volt a franciák elleni remeklés, azt Uruguay ellen bizonyította, a dél-amerikaiaknak ugyanis egy félidő alatt két gólt rúgott. A későbbiekben is alapembere volt a szenegáliaknak, a vébén egyetlen percet sem hagyott ki. A nyáron a Manchester United érdeklődött iránta, de mivel csak az idén lett stabil csapattag a válogatottban, így nem kapta volna meg a munkavállalási engedélyt Nagy-Britanniában, ezért maradt a Lensben. Ősszel a francia bajnokságban egy gólt szerzett, igaz, az három pontot ért a Monaco ellen, és szerepelt a BL-ben is, de a Milan elleni találkozón megsérült, és így idén már nem léphet pályára.