A hajdani kiváló játékos 28 évi távollét után 1996. szeptember 13-tól vállalt ismét munkát Magyarországon: az FTC vezetőedzője volt 1997. június 9-ig. Ezt követően a Kispest-Honvédnál, a Dunaferrnél, Diósgyőrben, majd 2001. július 2-től október 1-ig ugyanott dolgozott, ahova most újra szerződik.
Miután majdnem napra pontosan 15 hónappal ezelőtt leendő beosztottja, Tamási Zsolt váltotta őt a győri kispadon, Varga kivonult a hazai labdarúgásból.