Márcio Amoroso dortmundi bemutatkozása tökéletesen sikerült: első három bajnokiján négy gólt ért el, fantasztikusan futballozott, és azonnal belopta magát a drukkerek szívébe. A 2001-2002-es pontvadászatot végül 18 találattal zárta, amivel gólkirályi címet szerzett, a BVB pedig megnyerte az aranyérmet. Ugyan a brazilnak már ekkor is voltak sztárallűrjei, és több olyan mérkőzés is akadt, amikor a kilencven perc során szinte semmit sem tett, de góljai magukért beszéltek.
A problémák akkor kezdődtek, amikor a nyári felkészülés alatt sérülést szenvedett, és ezzel kidőlt a sorból. A klub orvosa annak rendje s módja szerint meg is vizsgálta, és műtétet javasolt, a focista azonban ezt mindenképpen szerette volna elkerülni, és menedzserére, Nivaldo Baldóra hallgatva hazautazott Brazíliába, hogy ott kezeltesse magát. A dortmundiak végül belementek a dologba, Amoroso így nyolc héten keresztül a hazájában kúráltatta magát, és fel is épült, visszatérését követően azonban Matthias Sammer mester rendszeresen a kispadra ültette, mondván, a támadónak előbb el kell érnie a megfelelő edzettségi szintet.
A brazil szerint ez azonban már túlzott óvatosság volt, ő ugyanis úgy érezte, hogy felgyógyulása után sokkal több játéklehetőséget is kaphatott volna. Csereként beállva aztán Amoroso három gólt is szerzett, amikor azonban a Hannover '96 ellen kezdő volt, sokkal gyengébb teljesítményt nyújtott. A legutóbbi pontvadászatban összesen 24 alkalommal lépett pályára, ebből 11 alkalommal kezdőként, de kilencven percet egyszer sem töltött a pályán: egy kivétellel mindannyiszor lecserélték, a VfB Stuttgart ellen pedig piros lapot kapott. Hat góljából ötöt csereként ért el, egy alkalommal pedig az a szégyen is megesett vele, hogy bár csereként lépett pályára, lecserélték.
A feszültség pedig egyre nőtt nemcsak közte és a tréner, Sammer között, aki a németes fegyelem elkötelezett híveként nem nagyon kedveli a lazaságot, hanem a brazil és a csapattársai között is. Ennek volt jele a kapus Jens Lehmann kirohanása az FC Schalke 04 elleni rangadón: a kapus saját játékostársára, Amorosóra támadt rá, ráadásul egy olyan szituációban, amikor a dortmundiak következhettek volna szabadrúgással.
A dolog következménye az lett, hogy Lehmann piros lapot kapott, amivel igencsak nehéz helyzetbe hozta a gárdát. Jellemző volt, hogy miközben a portás lefelé ballagott, a csapatkapitány Stefan Reuter valósággal ordibált vele, miközben páran a teljesen értetlenül bámuló Amorosót próbálták vigasztalni - akit pár héttel korábban még azért hordtak le, mert a Hertha BSC ellen az általa elveszített labda nyomán kapott gólt a csapat. A 32. játéknapon pedig, amikor Sammer az utolsó percben be akarta cserélni a brazilt, Amoroso egész egyszerűen megtagadta a pályára lépést.
Ekkor mindenki biztosra vette, hogy a csatárt a nyáron jó pénzért eladják, de nem így történt, sőt, úgy tűnt, hogy a konfliktusok rendeződnek. Amoroso beállt a sorba (legalábbis amennyire tőle tellett), végiggürizte a felkészülést, visszaverekedte magát a kezdő tizenegybe, és pazarul kezdte a szezont: az első három bajnokin négy gólt szerzett, és ismét remek formában futballozott.
Szeptember elején azonban beütött a krach: az egyik edzésen a csatár bal térde ismét beadta a kulcsot egy rossz lépés következtében, és a focistát hordágyon kellett levinni a pályáról. A Borussia orvosa, dr. Markus Braun részleges térdszalagszakadást állapított meg, ami minimum két hónapos pihenőt jelentett a focistának. Amoroso szokásához híven hazautazott Brazíliába, ahol aztán "rossz szelleme", Nivaldo Baldo megint megkavarta a kártyákat: a menedzser a focista ottani orvosával, dr. Paulo Reisszel is megvizsgáltatta védencét, és ő más diagnózist állított fel. Szerinte ugyanis nem az egyik oldalsó szalag, hanem a hátsó térdszalag sérült meg, és Márciót mindenképpen meg kell műteni, ami nyolc hónapos kihagyást jelentene a számára.
A dortmundiak ebbe persze nem mentek bele, és először szép szóval, majd határozott utasítással hazarendelték a focistát, mondván, a műtéti beavatkozásra a klubnak is igent kell mondania. Le is foglalták a repülőjegyet a játékosnak, aki azonban nem utazott vissza Németországba, és ezzel a BVB szerint szerződésszegést követett el, ráadásul csak a sajtón keresztül üzent az egyesületnek.
A hírek szerint éppen ezért a dortmundiak a FIFA-hoz fordulnak, de jól nem nagyon jöhetnek ki a dologból: az tény, hogy Amoroso térdét meg kell műteni, így valószínűleg hosszabb időt ki kell hagynia. A dél-amerikai szerződése 2005-ig szól, ami azt jelenti, hogy ha a nyáron nem adják el, akkor később kénytelenek lesznek ingyen elengedni, viszont az évi hárommillió eurós fizetését állniuk kell. A Dortmund számára a legjobb megoldás a szerződés felbontása lenne, hiszen akkor nem kéne fizetni Amoroso bérét.