A Bayer három forduló után az élen állt a Bundesligában, és augusztusban egy héten belül a Bayern München és a Real Madrid ellen is látványos játékkal magabiztos győzelmet aratott - nem csoda, hogy a gárda szurkolói rendkívül optimistán tekintettek a szezon elé.
A leverkuseni fanatikusoknak azonban gyorsan le kellett szállniuk a földre: négy héttel a müncheniek elleni diadalt követően kedvenceik már csak a kilencedik pozíciót foglalták el a bajnoki táblázaton, és a középmezőnyből egész ősszel nem sikerült feljebb lépni. Mindez elsősorban a pocsék idegenbeli mérlegnek volt köszönhető, és a focisták fejében egyre inkább ott motoszkált a két évvel korábbi szituáció, amikor a Leverkusen fokozatosan süllyedt egyre lejjebb a tabellán, és kis híján kiesett a legjobbak közül.
Klaus Augenthaler mesternek tehát elsősorban a pszichére kellett hatnia, és ehhez a feladathoz a télen tökéletes partnert kapott Rudi Völler személyében, akit az év elején sportigazgatónak neveztek ki a gyógyszergyáriaknál. A népszerű szakember 1996 és 2000 között már betöltötte ezt a pozíciót az egyesületnél, és csak a válogatott kedvéért távozott a klubtól, ám szövetségi kapitányságának ideje alatt is külön irodája volt a Bayer székházában, és fenntartotta a szoros kapcsolatot a leverkuseniekkel.
Völler mindig is híres volt arról, hogy kiválóan ért a játékosok nyelvén, és a jelek szerint a télen ő is kivette a részét a keret pszichológiai felkészítéséből, mert a gárda a tavaszi szezonnak megnőtt önbizalommal vágott neki, és ez meg is látszott az eredményeken. Az első öt idei találkozójából a Leverkusen négyet megnyert, egyetlen vereségét pedig a Bayern München otthonában szenvedte el, amiért egyáltalán nem kellett szégyenkezni, és ezen eredményeknek köszönhetően a csapat máris a negyedik helyen találta magát, vagyis akár a Bajnokok Ligájába való bejutás sem tűnt lehetetlennek.
A jó sorozat azonban hamar véget ért, és egy kisebb rossz széria vette kezdetét; a 23. és a 28. forduló között a gárda hat meccsből csak egyet tudott megnyerni, és így visszacsúszott a hetedik pozícióba. A gyengélkedésnek azonban jórészt olyan okai voltak, amelyekről a tréner nem nagyon tehetett, a klubot ugyanis sérüléshullám sújtotta, amely elsősorban a védelmet gyengítette meg. A brazil Roque Júnior még a felkészülési időszakban sérült meg, és a tavaszi idény elején egyáltalán nem számíthatott rá Augenthaler, pár meccsre honfitársa, Juan is kidőlt a sorból, a legérzékenyebb veszteséget azonban a csapatkapitány, Jens Nowotny hiánya jelentette.
A középhátvéd az 1. FC Nürnberg ellen ugyanis térdszalagszakadást szenvedett (pályafutása során immár harmadik alkalommal!), és nélküle az együttes sokkal rosszabbul szerepelt. A rengeteg sérülés miatt Augenthalernek sorra kellett bevetnie a fiatal tehetségeket: először a 21 esztendős, a szezon előtt mindössze egyetlen élvonalbeli találkozón szerepelt Jan-Ingwer Callsen-Brackert, majd a nála is két évvel fiatalabb, abszolút újonc Sascha Dumot, végül pedig a mindössze 18 esztendős spanyol Gonzalo Castrót - utóbbi alaphelyzetben középpályás, de most volt olyan összecsapás, hogy neki is a védelemben kellett szerepelnie.
Castrót egyébként hatalmas tehetségnek tartják, és neki sikerült is megkapaszkodnia a kezdő tizenegyben, a 26. forduló óta rendszeresen ott van a gárdában, és nem is nyújt rossz teljesítményt. A csapatnak is sikerült valamelyest összekapnia magát, egy fordulóval a zárás előtt feljött a hatodik helyre, és figyelembe véve, hogy a német kupa döntőjébe két olyan klub került be, amely biztosan ott lesz a BL-ben (a Bayern München és az FC Schalke 04), ez a pozíció elég volt az UEFA-kupában való induláshoz, vagyis a szezon előtt kitűzött cél megvalósult.
A gyógyszergyáriak mindeközben már a következő idényre való felkészülést is megkezdték. A szakvezetővel még márciusban szerződést hosszabbítottak, és a kulcsemberek közül már Dimitar Berbatov, Carsten Ramelow, Bernd Schneider, Roque Júnior, Juan és Andrij Voronyin is új kontraktust írt alá. A kölcsönadott focisták közül a svájci Tranquillo Barnetta (Hannover '96) és Jermaine Jones (Eintracht Frankfurt) térhet vissza, és az első új szerzemény neve is ismert: az Alemannia Aachentől Simon Rolfest igazolta le a gárda.