A címvédő FC Sopron és a korábban az Intertotó-kupában szerepelt Lombard FC Pápa most kapcsolódik be a küzdelmekbe, míg a bajnoki címvédő és az UEFA-kupában még versenyben lévő Debrecen a legjobb 16 között lép először pályára.
Az élvonalbeli klubokat, valamint az NB II-es BKV Előrét kiemelték, így ők ebben a körben még nem találkozhattak egymással. A címvédő Sopron Ajkán próbálhatja meg kiharcolni a továbbjutást.
A mérkőzéseket szeptember 21-én szerdán rendezik, a továbbjutás egy mérkőzésen dől el. A kiemeltek idegenben lépnek pályára.
A harmadik forduló párosítása:
Makó FC (NB II) - Győri ETO FC
Felsőpakony-Ergofer SK (megyei I. oszt.) - REAC
Ajka (NB II) - FC Sopron
Haladás (NB II) - Pécsi MFC
Balkány SE (NB II) - Kaposvári Rákóczi FC
Szentlőrinc SE (NB III) - Diősgyőri BFC
Kazincbarcika SC (NB II) - Vasas
Mosonmagyaróvár (NB II) - Bp. Honvéd
Nyíregyháza Spartacus (NB II) - BKV Előre (NB II)
Jászapáti VSE (NB II) - MTK Budapest
Baktalórántháza (NB II) - Fehérvár FC
Celldömölk VSE Cell-Modul (NB II) - Lombard FC Pápa
Gyirmót SE (NB II) - Auto Trader FC Tatabánya
Kisbágyon-Karton SE (NB III) - Újpest FC
Lindab Törökbálint TC (megyei I. oszt.) - ZTE FC