A 2004-ben megszerzett harmadik hely után a gyógyszergyáriak az elmúlt szezonban is a Bajnokok Ligájába való kijutást tűzték ki célul maguk elé, de a csapat túlságosan is hullámzóan szerepelt ahhoz, hogy ezt megvalósítsa. A Leverkusen három forduló után még a tabella élén állt, 14 játéknapot követően a 11. pozíciót foglalta el, a 22. kör végén negyedik volt, majd végül a hatodik helyen fejezte be a pontvadászatot. Igaz, menet közben a gárdát sújtó sérüléshullám miatt (amely elsősorban a védelmet érintette) Klaus Augenthalernek kényszerűségből fiatalítania kellett, így bevetette a juniorok közül Jan-Ingwer Callsen-Brackert, Sascha Dumot és Gonzalo Castrót is - utóbbi pedig meg is kapaszkodott az első csapatban.
Így aztán a csapat "csak" az UEFA-kupára kvalifikálta magát; a BL-ről való lemaradás egyik fő következménye az volt, hogy az egyesület pénzügyi vezetőinek kissé szorosabbra kellett húzniuk a nadrágszíjat, azaz elmaradtak az igazán nagy volumenű igazolások. A legdrágább szerzemény a brazil Athirson volt, akiért kilencszázezer eurót fizettek a Cruzeirónak, és az egykoron a Juventus FC-ben is megfordult, ám Olaszországban csalódást okozott balhátvéd a Celta Vigóba (ingyen) távozott argentin Diego Placentét volt hivatott pótolni. A többi új futballistával alapvetően nem a kezdő tizenegyben számolt a szakvezetés: a Borussia Dortmundtól ingyen leigazolt Ahmed Madouni, az Alemannia Aachentől 750 ezer euróért megvásárolt Simon Rolfes, a horvát NK Osijektől szerződtetett, mindössze 18 éves Josip Tadic, illetve a kölcsönből visszaérkezett svájci Tranquillo Barnetta egyaránt maximum kiegészítő embernek számított a bajnoki rajton.
Augenthalernek a nyári holtszezonban így csak egy új embert kellett beépíteni a csapatba Athirson személyében, így a mester a felkészülési időszakot elsősorban arra használta fel, hogy új taktikát dolgozzon ki: a 4-4-2-es hadrend maradt, azonban a középpályán másként oszlottak meg a feladatok. A klasszikus játékmesteri szerepkört a tréner a mai modern labdarúgásban túl nagy luxusnak tartotta, így a két szélső mellett két védekezőbb felfogású labdarúgót alkalmazott, akiknek azonban természetesen a labda megjátszása is a feladatuk volt. Így aztán a brazil Róbson Ponte kikerült a csapatból (korábban ő volt az irányító, Japánba került), a bajnoki rajt pedig a várakozásnak megfelelően alakult, hiszen az első körben a Bayer idegenben verte 4-1-re az Eintracht Frankfurtot.
Ezt követően azonban semmi sem sikerült a csapatnak: a Bayern München elleni 5-2-es hazai vereség után Wolfsburgban is kikapott, majd az FC Schalke 04 ellen csak egy döntetlent ért el, és így négy forduló után mindössze négy pontja volt - márpedig a leverkuseniek utoljára 23 évvel ezelőtt rajtoltak ilyen rosszul a Bundesligában. A CSZKA Szófia ellen az UEFA-kupában ráadásul hazai pályán kapott ki 1-0-ra a csapat, és Augenthalerben ezt követően elpattant valami. A szakvezető valósággal kifakadt, és a vezetőséget okolta a gyengébb szereplés miatt. "Eladtuk Placentét, Róbson Pontét, Daniel Bierofkát és Francát, és mégis mindenki a BL-be jutásról beszél. Ez abszurd!" - dörögte a tréner, majd így folytatta: "Fogadok, hogy engem tesznek majd felelőssé azért, mert Athirson elvétett egy beadást, és a bolgárok ebből gólt szereztek." Utóbbiban nem tévedett, bár menesztésének fő oka valószínűleg nem a vereség, hanem a nyilatkozat volt, amiben azért akadt néhány csúsztatás. Tény, hogy a fent említett focisták elhagyták a klubot, de közülük csak Placente és Róbson Ponte szerepelt rendszeresen az előző idényben, utóbbira pedig az új szisztémában nem volt szükség.
Az MSV Duisburg ellen így aztán az addig sportigazgatóként tevékenykedett Rudi Völler ült le a kispadra, aki 3-5-2-es szisztémában szerepeltette a gárdát, így Athirsonra a bal oldalon kevesebb védekező feladat hárult - rögtön a mezőny legjobbja volt, a csapat pedig nyert 3-1-re. Ezzel együtt a volt szövetségi kapitány, aki 2000 őszén Christoph Daum távozása után négy mérkőzés erejéig már irányította a csapatot beugróként, nem akar vezetőedző maradni, a klub ügyvezető igazgatója, Wolfgang Holzhäuser viszont ezt a megoldást sem tartaná rossznak, bár ő az angol módszert látná a legszívesebben (Völler amolyan menedzserként tevékenykedne, és mellette lenne még valaki, aki az edzéseket tartja). Amíg azonban nincsen végleges döntés, addig Völler irányítja a gárdát.