A magyar-osztrák közös pályázat története 1994-ben kezdődött, amikor is Ausztria azzal az ötlettel állt elő, hogy a Duna-menti országok, egyfajta "Dunamonarchiát" alkotva közösen rendezzenek labdarúgó Eb-t. Beppo Mauhart, az osztrák fociszövetség elnöke a csehekre, szlovákokra, magyarokra, szlovénokra és a horvátokra gondolt. Mauhart 1994. augusztusában úgy fogalmazott, hogy a 2000-es Eb-rendezésre vonatkozó tervek benyújtására már nincs elég idő (szeptember volt a határidő), de a 2004-es kontinensviadalra jó eséllyel pályázhatna a Dunamonarchia.
Az osztrákok mindenképpen egy másik országgal közösen kívántak jelentkezni az eseményre. 1997. áprilisában a Magyar Labdarúgó Szövetség felvette a kapcsolatot velük, és a munka gyorsításának érdekében az MLSZ-en belül létrejött az Eb-előkészítő bizottság. Ezzel párhuzamosan a magyar kormány kinyilvánította, hogy támogatja Magyarország társrendezői pályázatát, és sikeres kandidálás esetén biztosítja a rendezéshez szükséges anyagi feltételek megteremtését.
1997. októberében az MLSZ-vezetőség lemondása és a szövetségen belül kialakult helyzet miatt a kormány javasolta az MLSZ képviselőinek bevonásával, de a szövetségtől függetlenül működő Nemzeti Bizottság felállítását, majd ennek a bizottságnak jogi személyiségű szervezetként (UNIÓ Közalapítvány) történő bejegyzését. Ugyanezen évben, november 20-án a két ország kormányfője írásban is támogatásáról biztosította a közös Eb-pályázatot. Egy év múlva létrejött az osztrák-magyar szervező bizottság, amely két havonta felváltva ülésezett Bécsben, illetve Budapesten.
1999. augusztus 28.: Sportminiszteri kézfogó Deutsch Tamás és Peter Wittman között
1998. január elején megkezdte működését a magyar projektiroda, majd a két fél bejelentette az UEFA-nak, hogy megpályázza a 2004-es labdarúgó Európa-bajnokságot. Tavasszal a stadionpályázatok második fordulójának kiírása után kiválasztották a Eb potenciális magyarországi helyszíneit: Győrre, Székesfehérvárra, Debrecenre, az Üllői úti FTC-pályára és - az akkor még - Népstadionra esett a választás.
Március 25-én Ausztria és Magyarország nyilvánosan bemutatta pályázatát a Dunán rendezett "kick-off party" (kezdőrúgás parti) keretében, amely után a két ország válogatottja barátságos mérkőzést játszott Bécsben (a magyarok nyertek 3-2-re).
A magyar és az osztrák kormány határozatban biztosította a közös megrendezéséhez szükséges költségvetési forrást, valamint az UEFA által kért kormányzati garanciák biztosítását, majd április 30-án a két ország az UEFA-nak megerősítette a pályázat fenntartását.
1998. szeptember 24-én Magyarország újonnan megválasztott kormánya döntést hozott a pályázat beadásához szükséges hiányzó garanciák vállalásáról, az 1999. évi költségkalkuláció elkészítéséről és az UNIÓ Közalapítvány kuratóriumának átalakítására vonatkozó javaslat kidolgozásáról. Hat nappal később a szervezőbizottság benyújotta 288 oldalas pályázatát Genfben az UEFA-nak.
Októberben a pályázat érdekében, a marketingmunka részeként, 24 ország labdarúgó-szövetségének vezetőit, az UEFA prominens személyiségeit látta vendégül egy konferencia keretében az osztrák és magyar fél. November 10-én Genfben, az UEFA központjában került sor a versenyben maradt országok pályázatainak részletes bemutatására. 1999. március 7. és 14. között az UEFA ötfős bizottsága látogatást tett a "leendő" magyarországi és ausztriai helyszíneken. Ezután a magyar és osztrák pályázatot még számos helyen - többek között Máltán, Malmőben, Monacóban, Luganóban és Brüsszelben - bemutatták.
1999. október 12-én döntött az UEFA végrehajtó bizottsága: Portugália rendezheti meg a 2004-es labdarúgó Európa-bajnokságot. Az UEFA titkos szavazásáról, az arányokról semmilyen információt nem közöltek. A második és harmadik helyezettet is megállapították, de ezek sorrendjét - szóltak az akkori híradások - csak akkor hozták volna nyilvánosságra, ha a mostani nyertes előkészületeivel gondok támadnának. A beugró Spanyolország lett volna, de nem volt gond, a portugálok megfelelő Eb-t rendeztek 2004-ben, amelyet óriási meglepetésre Görögország nyert meg (a fináléban épp a házigazdákat verte meg).
A szövetség alelnöke, Egidius Braun elmondta: az UEFA minden létező szempontot figyelembe vett a fontos döntés meghozatala előtt, ami nem a magyaroknak kedvezett. "Sajnáljuk, hogy csak egy nyertes lehet, hiszen három kitűnő pályázat érkezett. Nagyon nehéz döntés volt. Nem lehet pontosan megfogalmazni, mely tényezők miatt nyert Portugália, az ország pályázata önmagában volt remek, szinte hibátlan" - mondta Braun.
A magyar kandidálók elmondása szerint körülbelül 100 millió forintot emésztett fel a pályázás, de ez szerinte korántsem tekinthető kidobott pénznek, hiszen "rendelkezésünkre állnak olyan anyagok, amelyek segítségével megpályázhatjuk a 2008-as Eb-t, persze ehhez a nagypolitika támogatására, hozzájárulására is szükség van" - mondták egybehangzóan az illetékesek.