Végül azonban sikerült rendezni a helyzetet, és 2003 februárjában Van der Vaart új kontraktust írt alá, amely 2006-ig szólt, és egyben ígéretet tett arra, hogy 2004-ig Amszterdamban marad. Utóbbira azért volt szükség, mert ekkor már majd' az összes sztárklub felfigyelt rá, a Liverpool FC és a Manchester United pedig konkrét ajánlatot is tett. Rafael azonban származása miatt elsősorban Spanyolországban képzelte el a jövőjét, így - és mivel a Primera Divisiónból ekkor még nem volt komoly érdeklődés - nyugodt szívvel kötelezhette el magát.
A középpályás a pályára egyébként márciusban tért vissza, és ismét fantasztikus formában játszott: rögtön első mérkőzésén a sérülését követően duplázott az FC Zwolle ellen, később pedig az RKC Waalwijk ellen pályafutása első mesterhármasát is megszerezte. Így aztán összességében 18 találattal zárta az idényt, pedig mindössze 21 bajnokin lépett pályára.
A következő szezont végre komolyabb sérülés nélkül játszhatta végig, és bár kevesebb gólt szerzett, mint az előző két szezonban, így is kulcsszerepe volt abban, hogy az Ajax ismét az élen végzett a bajnokságban. A legemlékezetesebb meccse az idény során alighanem a Feyenoord elleni hazai rangadó volt, amelyet az amszterdamiak az ő két góljával nyertek meg. A találkozó már csak azért is fontos volt Rafaelnek, mert ezt megelőzően a PSV Eindhoven elleni mérkőzésen kiállították, és három mérkőzésre szóló eltiltást kapott.
Időközben első válogatottbéli találatát is megszerezte, és 2003 őszén három, egymást követő válogatott mérkőzésen is betalált - köztük a csehek elleni, sorsdöntő Eb-selejtezőn. Van der Vaart ekkoriban hihetetlenül népszerű volt Hollandiában: 2004 februárjában külön rajongói napot rendeztek a számára, májusban pedig megjelent az önéletrajzi könyve "Rafael van der Vaart, a Fenomén" címmel. Ráadásul ebben az időben már a Hollandia szerte közismert televíziós műsorvezető és modell, Sylvie Meis volt a párja, így aztán a bulvárlapokban is rendszeresen téma volt, az újságok csak a holland David Beckhamnek nevezték.
Futballistafeleségek - Sylvie (középen) a tavalyi vb-n a helyszínen drukkolt párjának
Ez egyébként nem tett valami jót a karrierjének, és a túlzott népszerűség mintha a fejébe is szállt volna. Miután a 2004-es Európa-bajnokságon csak mellékszerepet kapott a válogatottban, előbb csapattársával, a svéd Zlatan Ibrahimoviccsal került konfliktusba (a kontinensviadal után lejátszott barátságos válogatott mérkőzésen Zlatan belépője nyomán Van der Vaart megsérült - sokak szerint a svéd így akarta kiprovokálni, hogy az Ajax eladja őt, ami meg is történt), majd pedig az edzőjével, Ronald Koemannal veszett össze. A focista azért kritizálta a mestert, mert az nem bízik eléggé az olyan saját nevelésű fiatalokban, mint ő vagy Wesley Sneijder, és amikor a Bayern München elleni BL-meccsen nem volt hajlandó a tréner kérésének eleget téve a csatársorban játszani, Koeman elvette tőle a csapatkapitányi karszalagot. Miközben a bulvárlapok rendre arról cikkeztek, hogy éppen melyik partin vett részt barátnőjével, a teljesítménye is visszaesett, és azt is nehezen viselte el, hogy az ellenfél drukkerei rendre őt és párját gyalázták különféle rigmusokkal.
Sejteni lehetett, hogy távozik a klubtól, a búcsúja viszont szépre sikerült, hiszen utolsó két bajnokiján egyaránt gólt szerzett. A sztárklubok ajánlatai ekkor azonban már nem éltek, így Van der Vaart "csak" a német Hamburger SV-ban kötött ki, amit nagyon sokan visszalépésnek tartottak, hiszen az Ajaxszal rendre ott lehetett a nemzetközi porondon, többnyire a BL-ben, a hamburgiak azonban csak erős középcsapatnak számítottak a Bundesligában. A kikötőváros együttese azonban nagy terveket szőtt, és 5,5 millió eurót fizetett ki a holland játékmesterért, aki ötéves szerződést kötött a HSV-val. 2005 nyarán elvette feleségül barátnőjét, aki a Hamburgba költözéssel Németországban is rendkívül ismerté vált, és immár az egyik katalógusáruház reklámarcának számít.