Aragonés azok után került a spanyol válogatott élére, hogy a csapat csalódást okozott a 2004-es Európa-bajnokságon, és az akkori szövetségi kapitány, Inaki Sáez lemondott posztjáról. A veterán szakember kinevezése nem jelentett meglepetést, hiszen a közvélemény nagy része kedvelte őt, és úgy vélte, hogy "jár neki" a válogatott kispadja azok után, hogy a Real Madrid kivételével szinte mindegyik jelentős spanyol egyesületnél dolgozott: megfordult az FC Barcelonánál, az Atlético Madridnál, a Valencia CF-nél, az RCD Mallorcánál, a Real Betisnél és az RCD Espanyolnál is. Alighanem ennek volt köszönhető, hogy a vb-selejtezők viszonylag gyengébb eredményei ellenére is kitartottak mellette, és a spanyoloknak, ha pótselejtezőn is, de sikerült kijutniuk a 2006-os tornára, ahol azonban a tőlük megszokott módon megint nem tudtak megfelelni az elvárásoknak, és már a nyolcaddöntőben búcsúztak a későbbi ezüstérmes Franciaország ellen.
Aragonés még ezután is maradhatott, de a közvélemény immár sokkal kritikusabb volt vele szemben, a csapat pedig pocsékul kezdte az Eb-selejtezőket. A Liechtenstein elleni, kötelező győzelem után Észak-Írországban és Svédországban is vereséget szenvedett, ami hatalmas felháborodást váltott ki Spanyolországban, annak ellenére, hogy két idegenbeli találkozóról volt szó. Aragonés az északírek elleni kudarc után meghúzta azt a lépést, amit már régóta számon kértek rajta, jelesül kihagyta a keretből a Real Madrid sztárját, Raúlt, és azóta sem hívta meg őt a válogatottba - ám ezt követően éppen emiatt kritizálták őt. Az Aragonés-ellenes közhangulat azóta is tart, noha a válogatott immár a második, azaz továbbjutó helyen áll csoportjában, és azon három gárda közé tartozik Európában, amely 2007-ben még veretlennek mondhatja magát. Portugália idei nyolc mérkőzéséből négyet megnyert, négyen pedig döntetlent játszott, míg Horvátország hét találkozóból haton diadalmaskodott egy döntetlen mellett - a spanyolok rendelkeznek tehát a legjobb mérleggel Európában a maguk hét győzelmével és egy döntetlenjével.
Az egy pontosztozkodás az Izland elleni idegenbeli Eb-selejtezőn történt, ami miatt Aragonés kapott hideget-meleget, pedig a spanyolok a meccs nagy részét emberhátrányban játszották Xabi Alonso kiállítása miatt, majd otthon is csak 1-0-ra tudtak nyerni az északiak ellen. Ezt a meccset követte a Lettország elleni hazai találkozó, amelyet 2-0-ra nyertek meg, a szurkolók mégis valósággal tüntettek Aragonés ellen, mivel az Oviedóban rendezett összecsapáson a mester a második félidő elején lecserélte a helyi kedvenc, asztúriai David Villát - aki egyébként pocsékul futballozott. A lefújást követően Aragonés nem jelent meg a sajtótájékoztatón, ami csak olaj volt a tűzre, és a spanyol lapok ezt követően amellett, hogy leszedték a keresztvizet a trénerről, mert csapata "csak" 2-0-ra verte a letteket (akik pár nappal korábban nagy szívességet tettek a spanyoloknak az Észak-Írország elleni győzelmükkel), azon spekuláltak, hogy a szakember lemondott posztjáról.
Ez persze nem volt igaz, de nem erősítette meg Aragonés helyzetét, aki már júniusban elmondta, hogy a 2008-as Eb-t követően feláll a kispadról, nem hosszabbítja meg szerződését. A hátralévő három Eb-selejtezőn tehát még ő vezeti a spanyol csapatot, amely mindhárom riválisával (Svédország, Észak-Írország, Dánia) játszik még, vagyis saját kezében van a sorsa. Amennyiben a spanyolok kijutnak a kontinensviadalra, akkor Aragonés alighanem marad, kudarc esetén pedig valószínűleg már novemberben távozik - a spanyol szövetségnek mindesetre hamarosan új szakvezetőt kell találnia.
Az első lépés ebben az irányban már meg is történt, hiszen a szervezet a minap sportigazgató nevezett ki - eddig ez a pozíció még csak nem is létezett a spanyol szövetségen belül. A posztot az egykori klasszis futballista, Fernando Hierro kapta meg, aki annak idején 89 alkalommal szerepelt a válogatottban, és 2005-ben vonult vissza az aktív játéktól. Ezt követően egy sportügynökségnél dolgozott, illetve a Cádiz CF elnökének, Arturo Baldasanónak volt a tanácsadója. Nem tudni, hogy a szövetségnél mi alapján választották éppen őt ki erre a posztra, de az valószínűleg nem volt hátrány a számára, hogy az elnökkel, Ángel María Villarral közismerten jó a viszonya. Hierro kinevezését követően majd mindegyik spanyol szaklap megegyezik abban, hogy Aragonés utódja a válogatott kispadján Vicente del Bosque lesz, aki pedig Hierróval áll remek kapcsolatban - a 2003-as bajnoki cím után együtt küldték el őket a Real Madridtól. Del Bosque egyébként a királyi gárda után a török Besiktasnál dolgozott, de egy teljes szezont sem töltött el az isztambuliaknál, ugyanis a gyenge eredmények miatt menesztették, azóta pedig sehol sem edzősködött.