"A magyar válogatott hatodik lett az egyik leggyengébb selejtezőcsoportban, története során soha nem szerepelt ilyen rosszul. Ez olyan katasztrófa, amely után mindenkinek, akinek köze volt ehhez a szégyenhez, azonnal távoznia kell" - mondta a szakember. "Nagyon szomorú vagyok, hogy így alakult a helyzet, de én már két évvel ezelőtt megmondtam, hogy a magyar szövetség új vezetése Kisteleki István elnökkel és az elnökséggel nem a futballért dolgozik, nem hozzátesz, hanem kivenni akar belőle. Törvényszerű volt a nemzeti csapat kudarca és az sem véletlen, hogy a magyar-horvát Európa-bajnoki pályázat egyetlen szavazatot sem kapott. A futball nem egy bonyolult dolog. Aki sokat és jól dolgozik, az élvezheti annak a megérdemelt gyümölcsét, aki csak beszél és nem csinál semmit, az pedig megkapja méltó büntetését."
A német válogatottal játékosként 1990-ben világbajnok tréner hozzátette: a magyar szövetség (MLSZ) és a kapitány félrevezette a közvéleményt. "Azt hirdették, hogy új úton jár a csapat, elkezdődött a fiatalítás, közben pedig azok a játékosok kaptak lehetőséget, akiket én fedeztem fel, és nálam lettek válogatottak. Fülöp Márton, Juhász Roland, Huszti Szabolcs, Tőzsér Dániel és Priskin Tamás nálam volt először kerettag, többségük az én irányításom alatt mutatkozott be a nemzeti együttesben. Tehát semmi újítás nem történt a távozásom óta. A magyar labdarúgás jelenleg egy romhalmaz, fölötte pedig keselyűként köröznek az elnökségi tagok, akik igyekeznek a szemétdombból kihalászni a nekik hasznos darabokat, de semmit sem tesznek az újjáépítésért. Szomorú vagyok, mert a játékosok és a szurkolók nem ezt érdemlik, de amíg nem kerül egy új, tisztességes vezetés az MLSZ élére, addig a magyar futball sem lép előre. Nálam nem fordulhatott volna elő, hogy 3-0-ra kikapunk Moldovában. Ha mégis megesett volna ez a szégyen, akkor én gyalog küldtem volna haza a játékosokat. Mi is szenvedtünk vereséget, játszottunk rosszul, de irányításom alatt egyszer sem alázták meg a magyar válogatottat."
Matthäus 2004. február 18. és 2005. december 18. között volt szövetségi kapitány, irányításával a magyar válogatott 11-szer nyert, 14 vereséget szenvedett és háromszor játszott döntetlent.
Az MLSZ hivatalos honlapján reagált Matthäus nyilatkozatára. A szövetség álláspontja szerint amikor a német tréner átvette a szakmai munka irányítását, akkor Magyarország a 72., távozásakor pedig a 74. helyen állt a nemzetközi szövetség világranglistáján. Várhidi Péterrel egy év alatt a 76.-ról az 52. helyre lépett előre a nemzeti együttes.
A honi futballszervezet azt is hangsúlyozza, hogy Matthäus 28 meccsen összesen 84 játékosnak adott bizonyítási lehetőséget, "tehát csodatévő varázslónak kéne lennie annak, aki nem olyanokból állítaná össze csapatát, akiket... Még egyszer nem soroljuk fel! Vagy újszülöttekre kéne címeres mezt húzni..." - olvasható a honlapon.
Ezenkívül az MLSZ arra hívja fel a figyelmet, hogy a magyarokat 3-0-ra legyőző Moldova a FIFA-világranglista 61. helyén áll, míg Mattha:us vezetésével a magyarok kétszer is kikaptak Walestől (egyszer hazai pályán), pedig a szigetországiak a mérkőzések idején a 65. és 67. helyet foglalták el a FIFA rangsorában, továbbá Kína is 65. volt, amikor nyert a magyarok ellen.