A problémák 2007 áprilisában kezdődtek, amikor is Michael bokasérülést szenvedett, és meg kellett műteni. Emiatt nem játszhatott az FA-kupa döntőjén, ráadásul klubja konfliktusba keveredett a német szövetséggel, amely azt szerette volna elérni, hogy a testület orvosai is megvizsgálhassák a középpályást.
Erre nem került sor, ráadásul Ballacknak a vártnál hosszabb időt kellett kihagynia, és ennek eredményeképpen a Chelsea be sem nevezte őt a Bajnokok Ligája csoportkörére - ami újabb találgatásokra adott lehetőséget, főleg José Mourinho menesztésével együtt.
A középpályásnak azonban esze ágában sem volt elhagyni a klubot, és végül december 19-én, a Liverpool FC elleni ligakupa-mérkőzésen tért vissza a pályára - rögtön gólpasszal. Első bajnokiját a 2007-2008-as pontvadászatban december 26-án játszotta, amikor is csereként állt be a megsérült Lampard helyére az Aston Villa ellen, és gólt is szerzett.
Azóta minden bajnokin és BL-meccsen a kezdő tizenegy tagja volt, és kifejezetten eredményesen futballozik, elvégre kilenc bajnokin négyszer talált be (ebből kétszer győztes gólt ért el), és a Bajnokok Ligájában is bevette az Olimpiakosz kapuját.