Maga a viadal, mint a neve is mutatja, a sportfogadásnak köszönheti a létrejöttét, hiszen annak érdekében indították el, hogy a nyári holtszezonban is lehessen futballmeccseket szerepeltetni a totó programjában.
Az ötlet szülőatyjai a legendás svájci szakember, Karl Rappan (aki 1938-ban a svájci, 1954-ben pedig az osztrák válogatottat irányította a világbajnokságon), illetve Ernst B. Thommen voltak - utóbbi a VVK létrejötténél is bábáskodott, és később a FIFA alelnöki posztját is betöltötte. Az azóta megszűnt svájci sportújság, a Sport is támogatta az ötletet, és bár az Európai Labdarúgó Szövetségnél (UEFA) nem tartották a sport szellemiségével összeegyeztethetőnek a torna célját, végül mégis engedélyt adtak a viadal kiírására, bár az európai szövetség a nevét nem adta a kupához, és azt is kikötötte, hogy a hivatalos nemzetközi kupákban induló csapatok nem vehetnek részt rajta.
Az Intertotó-kupát először az 1961-62-es idényben rendezték meg, mégpedig 32 együttes részvételével. Az indulók szinte kizárólag Közép- és Észak-Európából kerültek ki, és a nyolc négycsapatos csoportból az első helyezettek mentek tovább, majd egyenes kieséses rendszerben folytatódtak a küzdelmek. A finálét végül két holland gárda, az Ajax Amsterdam és a Feyenoord vívta, és a végső győztes az amszterdami társulat lett.
Az Intertotó-kupa a következő öt évben hasonló rendszerben zajlott, és magyar csapatok csak az 1962-63-as idényben vettek részt rajta. Ekkor a Dorogi Bányász csak második lett csoportjában, de a Tatabánya, a Pécsi Dózsa és az Újpesti Dózsa egyaránt továbbjutott, sőt előbbi kettő az elődöntőig menetelt - de ott mindkét együttes kiesett.
Zidane anno még Bordeaux-játékosként varázsolt az Intertotó-kupában
Az egyenes kieséses szakasz megrendezése azonban az évek során egyre nehezebb lett, így aztán 1967-ban meg is szüntették, és innentől kezdve csak csoportmérkőzéseket rendeztek, vagyis az Intertotó-kupának nem volt végső győztese. A célját viszont akkor is betöltötte a torna, hiszen a nyáron rendezett összecsapások rendre szerepeltek a totóprogramban, és hogy a viadal vonzóbb legyen a csapatok számára, így a csoportgyőztesek pénzjutalmat is kaptak - mintegy 10-15 ezer svájci franknak megfelelő összeget. Eleinte kifejezetten patinás egyesületek is részt vettek a tornán (az 1968-as kiírásban például ott volt az RSC Anderlecht, az FC Internazionale, az Atlético Madrid, az RCD Espanyol és a Hamburger SV is), de idővel a topligás egyletek kikoptak az sorozatból, csak a németek tartották magukat.
A magyar csapatok csak 1983-ban kapcsolódtak be a küzdelmekbe, abban az esztendőben a Budapesti Honvéd és a Videoton SC indult. A következő években játszott még az Intertotóban a Ferencváros, a Zalaegerszeg, az Újpesti Dózsa, az MTK, a Siófok, a Vasas, a Tatabánya, a Haladás, a Pécsi MSC, a Vác, a Rába ETO és a Békéscsaba. 1993-ban annyit változott a kiírás, hogy ötcsapatos csoportokat hoztak létre, és a gárdák csak egyszer mérkőztek meg egymással.
Ez már az UEFA-nak is tetszett, így 1995-ban az égisze alá vette az Intertotó-kupát, és két helyet biztosított a résztvevők számára az UEFA-kupa főtábláján. Így aztán a csoportokból a győztesek továbbjutottak, és egyenes kieséses rendszerben folytatták a küzdelmet, egészen addig, amíg ketten nem maradtak. Eleinte úgy tűnt, hogy az a húzás újra életet lehel a tornába, hiszen rögtön az első, ilyen kiírásban a Zinédine Zidane-nal, Bixente Lizarazuval és Christophe Dugarryval felálló Girondins Bordeaux egészen az UEFA-kupa fináléjáig menetelt, ami annyira felbátorította az európai szervezetett, hogy 1996-ban már három intertotós csapatnak adott lehetőséget az UEFA-kupában. Persze volt, akit ez sem győzött meg: az angol egyesületek nem akartak indulni a sorozatban, mire az európai szövetség kizárással fenyegette meg Angliát, ezt követően az FA kötelezte a klubokat a nevezésre, de a csapatok általában a tartalékjaikkal álltak ki - így történhetett meg, hogy 1995-ben például a Tottenham Hotspur 8-0-ra kapott ki az 1. FC Kölntől.
Az UEFA 1998-ban megszüntette a csoportkört, és innentől kezdve az együttesek csak egyenes kieséses rendszerben mérkőztek, egyes országok képviselői pedig kiemelés alapján csak a második, vagy a harmadik körben csatlakoztak a tornához. Ezzel együtt továbbra is három gárda került fel az UEFA-kupa főtáblájára: az Olympique Marseille az 1998-99-es sorozatban egészen az elődöntőig jutott, akárcsak a Villarreal CF a 2003-2004-es kiírásban.
Ezzel együtt egyre nyilvánvalóbb volt, hogy a legtöbb egyesület számára az Intertotó-kupa csak nyűgnek számít a nyári felkészülésben, így 2006-ban megint változtattak a kiíráson: ekkor már csak három fordulóra került sor, és az innen továbbjutó 11 gárda az UEFA-kupa második selejtezőkörében folytathatta. Viszont, hogy azért legyen egy kupagyőztes is, az UEFA kitalálta, hogy amelyik együttes a legmesszebbre jut, az kap egy trófeát: ez 2007-ben a Newcastle United, tavaly pedig a Hamburger SV lett. Hogy idén melyik lesz, azt egyelőre még nem tudni, de az biztos, hogy több Intertotó-kupa-mérkőzést már nem rendeznek - az UEFA elnöke, Michel Platini ugyanis a nemzetközi sorozatok megreformálása során megszüntette a tornát.
A Honvéd Sturm Graz elleni kiesésével pedig az is eldőlt, hogy az Intertotó-kupa a magyar együttesek sikere nélkül ért véget, soha egyetlen hazai csapat sem tudott a sorozaton keresztül eljutni az UEFA-kupáig. A kilencvenes évek végén, még a csoportkör időszakában a Vasas kétszer is második lett a csoportjában (1997-ben hiába győzte le hazai pályán a Werder Brement 2-0-ra, mégis az Istanbulspor mögé szorult), 1998-ban a Debrecen előbb kiverte a harmadik körben a Hansa Rostockot, hogy aztán a lengyel Ruch Chorzów ellen bukjon el, a későbbiekben pedig a harmadik fordulónál tovább egyszer sem jutott a magyar képviselő.