A bajorok hatalmas meglepetést okoztak januárban, amikor bejelentették, hogy a szezon végén távozó vezetőedző, Ottmar Hitzfeld utódja a német válogatott volt szövetségi kapitánya, Jürgen Klinsmann lesz. Ez azért volt rendkívül váratlan, mert az egykori csatár korábban nem volt jó viszonyban a Bayern vezetőségével, egészen pontosan a klub menedzserével, Uli Hoenesszel, arról nem is beszélve, hogy Klinsmann edzői tapasztalata kimerült a Nationalelf irányításában. Münchenben azonban úgy érezték, megéri kockáztatni, mivel a válogatottnál eltöltött időszaka azt mutatta, hogy Klinsmann a bátor támadójáték híve, amiről a Bayernnél is álmodoznak, ráadásul az is benne volt a pakliban, hogy a 2006-os világbajnokság óta rendkívül népszerű Klinsivel a kispadon talán a német futball-közvéleményre jellemző "Bayern-utálat" is csökken valamelyest.
A szakvezető a múlt héten óriási médiafelhajtás mellett meg is kezdte a munkát Münchenben, igaz, akkor még nem a teljes keret állt a rendelkezésére, hiszen az Európa-bajnokságon szerepelt német futballisták csak a napokban kezdik meg a felkészülést. Az új igazolások szempontjából viszont Klinsmann már a végleges kerettel számolhatott, hiszen a transzfereket még júniusban (vagy még korábban) nyélbe ütötték, és Hoeness azt hangoztatja, hogy a Bayern számára már lezárult az átigazolási időszak. A német válogatott középpályás, Tim Borowski érkezése a Werder Brementől már tavasszal ismertté vált (a focistának lejárt a kontraktusa, így ingyen cserélhetett klubot), és az Európa-bajnokság alatt azt is bejelentették, hogy a bajorok megszerezték a Benfica kapusát, Hans-Jörg Buttot.
Ami a többi transzfert illeti, a csapat két német focistáját, Lukas Podolskit és Bastian Schweinsteigert több külföldi egyesülettel is kapcsolatba hozták, főleg a remek Eb-szereplést követően, ám Münchenben gyorsan tisztázták: az ő eladásukról csak akkor tárgyalnak, ha mégis vásárolnak új focistákat. Erre persze meg is volt az esély, hiszen Klinsmann szerette volna megszerezni a VfB Stuttgarttól Mario Gomezt, illetve az Arsenal FC-től Alekszandr Hlebet, de előbbi focistát a stuttgartiak nem engedték, utóbbi pedig inkább az FC Barcelonát választotta (legalábbis a jelek szerint). Így aztán Podolski és Schweinsteiger maradt, és ők is Klinsmann rendelkezésére állnak.
Az új edző tehát szinte ugyanazzal a kerettel dolgozhat majd, mint elődje: pozitív változás Borowski érkezése, a negatív pedig az, hogy a kapuban immár nem Oliver Kahn áll majd - bár a Bayernnél szentül meg vannak győződve arról, hogy a visszavonult kapuslegendát a fiatal Michael Rensing megfelelően pótolja majd. Az Európa-bajnokság a müncheni futballisták többségének ráadásul további önbizalmat adhatott (nem csak a németeknek, de például a török Hamit Altintopnak is), a kivételt csak az olasz Luca Toni és a francia Franck Ribéry jelentik. Utóbbi ráadásul meg is sérült a kontinensviadalon, és leghamarabb csak szeptemberben léphet pályára - Klinsmann tehát egyelőre nem számíthat legnagyobb sztárjára, igaz, Ribéry kiesése új lehetőséget adhat Schweinsteigernek.
KLinsmann a jelek szerint továbbra is ragaszkodik ahhoz a taktikához, amelyet a válogatottnál is alkalmazott a világbajnokságon - annak ellenére, hogy manapság egyre inkább a 4-5-1-es, vagy a 4-3-3-as szisztéma a népszerű, az edző a 4-4-2 elkötelezett híve. Állítása szerint a Bayern jelenlegi kerete nem is alkalmas más hadrendre, mivel nincsenek igazi szélsőik, a csatárok pedig inkább klasszikus centerek. Ez elsősorban Tonira és Miroslav Klosére igaz, Podolski az Eb-n bebizonyította, hogy szélső középpályásként is megállja a helyét. A Bayern Hitzfeld alatt is többnyire 4-4-2-ben játszott, ám általában két védekező középpályással, Klinsmann viszont a jelek szerint csak egy "hatost" akar szerepeltetni (a német szaksajtóban így nevezik a védelem előtt futballozó, labdaszerző középpályásokat), ami már csak azért is érdekes, mert erre a posztra több kiváló játékosa is van: gondoljunk csak Mark van Bommelre, Zé Robertóra, Borowski vagy akár Andreas Ottlra. Persze Zé Roberto vagy akár Borowski képes offenzívabb feladatot is ellátni, és Schweinsteiger vagy Ribéry is behúzódhat középre, amolyan játékmesternek.