A brazilból spanyollá lett labdarúgó pályafutása úgy indult, mint nagyon sok más futballistáé az országban. Marcos Antonio Senna da Silva 1976. július 17-én született Sao Paulóban, és a város egyik legszegényebb negyedében, Jardim Rincaóban nőtt fel.
A család kifejezetten szegénynek számított, és az egyetlen kitörési lehetőség a futball volt az ifjú Marcos számára, aki ha csak tehette, az utcán kergette a labdát a kortársaival - gyakran mezítláb, mert még cipőre sem tellett. Amikor 12 esztendős volt, elment a város egyik legpatinásabb klubjának, a Sao Paulo FC-nek a toborzójára, és legnagyobb örömére megtetszett a tehetségkutatóknak, ám csak három éven keresztül maradt az egyesületnél. Ezt követően ugyanis nem tartottak rá igényt.
Senna azonban nem adta fel, és egy kisebb klubhoz, a Rio Brancóhoz került, amely éppen akkoriban harcolta ki a feljutást az állami pontvadászat élvonalába. Az egyesület amolyan klasszikus nevelőklubnak számít Sao Paulóban, ahonnan gyakran válogatnak az állam patinásabb gárdái: itt kezdte például a pályafutását Flávio Conceicao, Marcos Assuncao (ő egyébként Marcos Senna unokatestvére) és Mineiro is, akik később mind játszottak a brazil nemzeti tizenegyben, illetve európai sztárklubokban szerepeltek. Mint látható, a Rio Branco elsősorban a középpályások kinevelésében jeleskedik, és ebből a szempontból Marcos Senna jobb helyre nem is kerülhetett volna...
A Tigrisnek becézett együttes a kilencvenes évek végén rendre a paulista bajnokság élvonalában szerepelt, és a sztárcsapatok mögötti második vonal vezető tagjának számított. Senna két éven keresztül játszott a felnőttek között a csapatban, majd rövid ideig megfordult a szintén Sao Paulo-i Américában is, 1999 nyarán azonban egy igazi sztárklub csapott le rá.
Nem csak a védekezésben jeleskedik: ilyet is tud
Az a Corinthians vette meg, amely az előző évben megnyerte az országos bajnokságot, majd az állami pontvadászatban is az élen végzett, és olyan sztárok játszottak a színeiben, mint a kolumbiai Freddy Rincón, Marcelinho Carioca, Vampeta, Ricardinho, Edílson vagy Fernando Baiano. Az 1999-es országos bajnokság elején Senna rendre ott volt a kezdők között, azonban később a kispadra szorult, de így is 12 találkozón lépett pályára, és az Atlético Mineiro elleni bajnoki döntőn is becserélték.
A klub megvédte az aranyérmét, amivel egyben jogot szerzett arra, hogy elindulhasson a hazai rendezésű klubvilágbajnokságon 2000 januárjában. A viadalon (amelyet a Corinthians megnyert) Senna a Raja Casablanca és a Real Madrid elleni csoportmeccseken kapott játéklehetőséget csereként - akkor valószínűleg aligha gondolta, hogy kilenc évvel később az a Vicente del Bosque lesz az edzője a spanyol válogatottnál, aki akkor a királyi gárda mestere volt, Iker Casillast pedig a honfitársának nevezheti majd.
Erre már csak azért is kicsi volt az esély, mert Senna a Corban továbbra is keveset játszott, olyannyira, hogy 2001-ben el is adták őt a Juventudénak. Ez a klub nem Sao Paulóban, hanem Casias do Sul városában található, azaz Rio Grande do Sul államban. A 2001-es országos bajnokságot Senna ott töltötte, az edzője pedig nem volt más, mint az egykori kiváló kapus és volt szövetségi kapitány, Émerson Leao.