Az FTC legutóbb a 2005/2006-os kiírásban volt tagja az NB I-nek, melyet hiába zárt a hatodik helyen, a magyar szövetség fellebbviteli licencadó bizottsága 2006. július 25-én tulajdonképpen kizárta az első osztályból, mivel nem adta meg a klubnak a szerepléshez szükséges engedélyt.
A klub ugyan a bíróságon megtámadta a döntést, ám benevezte az együttest az NB II-be. Mindenki azonnali visszajutást várt, vagy remélt a 28-szoros magyar bajnoktól, ezzel szemben a 2006/2007-es szezonban a Nyíregyháza nyerte a Keleti csoportot, s ezzel újabb egy évvel meghosszabbította az FTC másodvonalbeli tagságát.
A kínos évad után egy még kínosabb következett, hiszen míg két éve csupán négy ponttal bukta el az FTC a bajnokságot a Nyíregyházával szemben, addig 2008-ben a győztes Kecskemét 13 ponttal szerzett többet nála, s még a Szolnok is megelőzte a tabellán.
Tavaly áprilisban az angol Bobby Davison lett a vezetőedző, s a nyáron, illetve télen több szigetországi légiós is csatlakozott az együtteshez. Ennek ellenére az őszi idényben akadozott a gépezet, és sokáig a Bőcs volt a csoport élén, igaz, a téli szünetet már az élen töltötte a Fradi. Tavasszal aztán hamar meglépett legnagyobb riválisától a gárda, s magabiztos győzelmekkel közelített a feljutás felé, melyet vasárnap, éppen a klub 110. születésnapján el is ért.
A Bőcs vasárnapi döntetlenjével az a klub került újra a legjobbak közé, mely 28 bajnoki címe mellett az egyetlen magyar csapatként nemzetközi kupát hódított el (1965-ben a Vásárvárosok Kupáját, az UEFA-kupa elődjét) és 100 százalékos eredménnyel győzött a bajnokságban (az 1931-1932-es kiírásban). Az FTC adta a legtöbb játékost a magyar labdarúgó-válogatottnak, innen került ki a legtöbb gólkirály és az egyetlen magyar egyesület, amelyben Aranylabdás focista - Albert Flórián - játszott.