A cseh középpályásért végül a Lazio mellett a holland PSV Eindhoven is harcba szállt, de a rómaiak ajánlatával nem vetekedhetett. Nedved Rómában egy csapásra a szurkolók kedvence lett csupaszív játékával és közvetlen, szerény modorával. Az olasz fővárosban teljesedett ki a játéka, amely az ezredforduló egyik legjobb középpályásává emelte. Szinte napok alatt felvette a Serie A ritmusát, s a játék egyetlen összetevőjében sem vallott szégyent a campionatóban.
Második római évében Coppa Italiát és olasz Szuperkupát nyert a Lazióval, miközben a bajnokságban 11-szer volt eredményes. A karriert 1998 decemberében egy sérülés lassította, a Juventus elleni mérkőzés után Nedvedre könnyebb sebészeti beavatkozás várt. A műtétet követően öthetes pihenőt írt elő az orvos, de a cseh játékos már január végén a pályán volt. Kevés labdarúgóval fordul elő, hogy sérülése idején keresik meg egy szenzációs ajánlattal, de neki ez is megadatott. 1999 januárjában az Atlético Madrid szerette volna leigazolni, a spanyolok 12 millió fontot és Juninho Paulistát ajánlották érte, de hiába.
Miközben csapata bejutott az utolsó ízben kiírt Kupagyőztesek Európa-kupájának döntőjébe, az olasz bajnokságban - jelentős előnyét elpackázva - a hajrában az AC Milan mögé szorult. A Lazio kiváló játékosállománya ellenére nem bírta a kétfrontos megpróbáltatást, így talán a scudetto kárára vezéráldozatot hozott a KEK-trófeáért. Az RCD Mallorca elleni birminghami döntő örök emlék marad Nedved számára, 1-1-es állásnál egy korábbi ütközés miatt a hasát fájlaló cseh fiú szerezte a kupa sorsát eldöntő találatot. A kiadós gólöröm során a társai úgy megdögönyözték, hogy nem is tudta folytatni a játékot, de a díjátadáskor hat ökörrel sem lehetett volna elvontatni az emelvénytől.
Az utolsó KEK-trófea begyűjtésével nem állt meg a Lazio, a multimilliárdos klubelnök, Sergio Cragnotti legnagyobb örömére fiai megnyerték az európai Szuperkupát (a Manchester United volt a vesztes fél), majd a nyáron a campionatót és a Coppa Italiát. A sikerek valamennyi játékos, így Nedved ázsióját is növelték, 2000 nyarán például a Manchester United jelentkezett érte. Az angolok négyéves szerződést ajánlottak neki, évi 12 milliárd lírás fizetéssel (akkor csak ötmilliárdot keresett), de a válasz elutasító volt.
Szeptemberben újabb elismerést kapott, a Bulgária elleni vb-selejtezőn ő viselhette a csapatkapitányi karszalagot. Nedved augusztusban megkapta az EU-útlevelet, így az Európai Unión kívüliekre vonatkozó megkötések sem hátráltathatták már karrierjét.