Joan Carrillo Paulo Sousa segítőjeként érkezett Magyarországra 2011 nyarán, majd José Gomes mellett is ezt a pozíciót töltötte be. A lehetőség a második portugál tréner távozását követően jött el számára, hiszen ő lett a Videoton FC vezetőedzője 2014 júniusában. A klubtörténet legjobb rajtját produkálva magabiztosan nyerte meg a 2014/15-ös bajnokságot, a Magyar Kupában ezüstérmet szerzett, de a szezont követően távozott.
Az elmúlt években a spanyol Almería, a horvát Hajduk Split és a lengyel Wisla Kraków vezetőedzője volt. 2019. november 25-én tért vissza a MOL Fehérvár FC-hez, a mai naptól pedig hivatalosan is ő a csapat vezetőedzője.
"Végtelenül boldog vagyok, hogy visszatérhettem Székesfehérvárra! Remek játékosokkal dolgozhatok és egy olyan ember áll mögöttem Kovács Zoltán személyében, akiről tudom, hogy ugyanazt szeretné, amit én.
Egy sikeres csapatot és egy sikeres klubot. Tudom, hogy támogat, és ez nagyon fontos számomra. És ami még ugyanennyire fontos: Garancsi István, a klub tulajdonosa is ugyanezt akarja, azzal pedig, hogy támogatta, hogy visszajöjjek, megmutatta, hogy bízik bennem. Azért dolgozom, hogy ezt a bizalmat nagyon sokáig élvezhessem. Szeretném, hogy a szurkolók azt mondhassák majd, olyan csapatuk van, amelyik szervezett, amelyik támadófocit játszik, és amelyikre igazán büszkék" - nyilatkozta a székesfehérvári klub honlapjának Joan Carillo, akivel együtt másodedzőként Xavier Coll Planas csatlakozik a szakmai stábhoz.
Most éreztük úgy, hogy eljött a váltás ideje, nem szerettük volna megvárni az őszi idény végét. Úgy vélem, Joan Carrillót nagyon kevés magyar futballszurkolónak és még kevesebb fehérvárinak kell bemutatni.
Korábban fantasztikus sikert ért el a csapattal, és amit akkor elkezdett, de nem fejezhetett be, azt most folytathatja. Mindenben támogatni fogjuk. A klub minden alkalmazottja és a saját nevemben is mondhatom, hogy nagyon örülünk a visszatérésének. Boldog vagyok, hogy Joan Carrillo a klub vezetőedzője" - tette hozzá Kovács Zoltán sportigazgató.
A spanyol szakember szombat este, Miskolcon mutatkozhat be régi-új csapat kispadján, amikor a MOL Fehérvár FC a DVTK vendége lesz.