A játékos pályafutását a Barcelona csapatánál kezdte, ahol focistaként 15 címet nyert a katalánokkal - olvasható a Manchester City hivatalos oldalán.
Guardiola 1990-ben került fel a Barcelona első csapatához.
Trófeái között a hat bajnoki cím mellett a a Sampdoria ellen megnyert Bajnokcsapatok Európa-kupája is ott van. Később Olaszországba igazolt, a Brescia és az As Roma csapatainál töltött el némi időt.
Játékosként a Ronald Koemannal, Hriszto Sztojcskovval, Michael Ludruppal, Romarióval és további sztárokkal tűzdelt Barcelona középpályájának legfontosabb játékosa volt, ahogy a spanyol válogatottban is vezér volt.
2007-ben visszatért Barcelonába, hogy átvegye a tartalékcsapat irányítását, majd 2008-ban már vezetőedzője volt a spanyol bajnokságban szereplő csapatnak.
Négy szezon alatt 13 címet szerzett a Barcelona élén. 2011-ben a FIFA az Év Edzőjének jelölte a spanyol edzőt.
2012-ben engedett a külföldi klubok csábításának, és elfogadta a német Bayern München ajánlatát. Három év alatt három bajnoki címet szerzett a bajoroknál, bár sokan kritizálták,
hogy a régóta vágyott Bajnokok-Ligája-elsőség nem jött össze, és ezért sokan a spanyol edző taktikáját hibáztatták.
Három szezon után így Angliába igazolt, és a Premier League egyik sztárncsapatának, a Manchester Citynek az edzője lett.
A 2017/18-as szezonban a legnagyobb sikerét aratta, hiszen a City kereken 100 pontot gyűjtve megnyerte a Premier League-et, amivel történelmet írt.
A következő idényben még rátett egy lapáttal:
City az Angliában megszerezhető valemennyi címet begyűjtötte (Community Shield, Premier League, Ligakupa, FA Kupa).
Az Angliában begyűjtött négy trófea mellé azonban nem sikerült megnyerni a Bajnokok Ligáját: a Tottenham Hotspur a negyeddöntőben kiejtette a kékeket.
Pep Guardiola 2020 novemberében írta alá a szerződéshosszabítását: 2023 nyaráig a Manchester City edzője marad.