A nagy tehetségnek kikiáltott támadó a PSV Eindhovenben kezdte a karrierjét, Dzsudzsák Balázzsal egy csapatban számos emlékezetes pillanatot szereztek a klub szurkolóinak. Afellay innen nagy reményekkel szerződött az FC Barcelonához, de egy súlyos térdsérülés miatt nem tudott meghatározó játékossá válni a katalán klubban,
ahol mindössze 35 mérkőzés jutott neki, igaz, Bajnokok Ligája-győztesnek mondhatja magát.
Pályafutása során többször is kölcsönadták, játszott a Stoke City, az Olimpiakosz és a Schalke 04 csapataiban, karrierje utolsó állomása pedig nevelőklubja volt. Tétmérkőzésen több mint egy éve nem lépett pályára, tavaly január 26-án a Twente elleni bajnokin ráadásul kiállították.
A holland nemzeti csapatban 53 alkalommal lépett pályára, hétszer volt eredményes, 2011-ben a magyarok elleni Európa-bajnoki selejtezőn is betalált.