Isco 2013-ban a Málagából került a Real Madridba, ahol 2022-ig játszott, és részese volt a klub történelmének egyik legsikeresebb időszakának, így ötszörös Bajnokok Ligája-győztesnek mondhatja magát. A fővárosi klubban 353 tétmérkőzésen 53 gólt szerzett.
A 31 éves középpályás aztán 2022 nyarán a Sevilla csapatához igazolt, de az előző szezonja nem úgy alakult, ahogyan azt várták. A 38-szoros spanyol válogatott játékos sorozatot figyelembe véve 19 mérkőzésen jutott szóhoz, melyeken egy gólt és három gólpasszt jegyzett. Télen aztán Sevilla edzője, Jorge Sampaoli a katari világbajnokság előtt jelezte, hogy nem számít a továbbiakban a játékosra.
Isco ezt követően szerződést bontott a Sevilla csapatával, majd egy ideig úgy tűnt, Schäfer András csapattársa lesz az Union Berlinnél, azonban a szerződtetése az utolsó pillanatban meghiúsult, így tavasszal csapat nélkül maradt. Nyáron aztán aláírt a Sevilla városi riválisához, a Real Betishez, amelyben valósággal kivirult. Isco kulcsszerepet kapott Manuel Pellegrini vezetőedzőtől, az őszi szezonban 17 spanyol bajnokin kezdett, ezeken kilencszer választották meg a mérkőzés legjobb játékosának.
Fabrizio Romano azt írja, hogy a Betisnél rendkívül elégedettek a rutinos középpályással, aki már el is fogadta a klub szerződéshosszabbítási ajánlatát, ami 2027 nyaráig szól.