Bonds mostanában nemcsak a pályán mutatott teljesítménye miatt van a figyelem középpontjában, az elmúlt hónapokban ugyanis többször doppingvádakkal illették. márciusban jelent meg az Árnyjáték című könyv, melynek szerzője azt írja, hogy a 41 éves klasszis rendszeresen élt anabolikus szteroidokkal és növekedési hormonnal, ezeket edzőjén, Greg Andersonon keresztül kapta a hírhedt BALCO-laborból.
bizonyítékokkal alátámasztott állítások szerint a 2001-ben elért, 73 hazafutásos rekordját tiltott szerek segítségével állította fel.
A BALCO-botrány decemberi ítélethirdetése alapján a labort vezető Victor Conte négy hónapos börtönbüntetést kapott, és ugyanennyi időt kell háziőrizetben töltenie, ezen kívül pénzbírságot fizet. Andersont hat hónap szabadságvesztéssel sújtották.
Bonds korábban elismerte, használta a BALCO termékeit, állítása szerint azonban nem tudta, hogy doppingszereket fogyasztott.