A 40 éves szakember 2017 óta irányítja a csapatot, korábbi szerződéséből még három év lett volna hátra, ezt alakította át és toldotta meg további három esztendővel a vezetőség, így a tréner 2025-ig lesz a klub alkalmazásában. Ugyan a szerződés részletei egyelőre még nem ismertek,
sajtóhírek szerint a fiatal szakember az NFL legjobban fizetett edzői közé tartozik majd.
Shanahan irányításával a gárda az elmúlt szezonban 13 győzelemmel és 3 vereséggel megnyerte az alapszakaszt, majd egészen a Super Bowlig menetelt, ott azonban kikapott a Kansas City Chiefstől, nagyban Shanahannak is köszönhetően, aki a második félidőben borzalmasan menedzselte az órát.